Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_005877_5                                                                                                                 top


Strain : Picrophilus torridus DSM 9790 RefSeq :NC_005877 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_005877_5
DR consensus (30 bp) : CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACNumber of repetitions :83
Begin Position : 1540318 End Position : 1545873

1540318CTTTCAATCCTATTTAGGTTGTTATTTAACTCCGCCGAATTTCAAACACTTATAGATGGACTAGA 1540382
1540383TTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTATCTCTCTTTTCATTCCTTATCGATTTATCGATCC 1540448
1540449CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCACGGTGGTGATGCAACGATAAGATCAACATTATCA 1540514
1540515CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTCCATCTAAAGACATTCTCTCTAAATATATCAAAGCC 1540581
1540582CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTTTTTCCGCATAGAAAAGCCATTCTTTTCTCTGTA 1540646
1540647CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCAGATGCGACAAAAATTTAACATCACTCGTGCTTTATCT 1540715
1540716CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAATTTTAAACTTTTTGATACACATGTTTTTGTAAAATA 1540783
1540784CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGAATTTGTTATATTTGTGTTTATAAAGTTATTTCCAAT 1540852
1540853CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTTATTTTCAAGTAAGCTATAAAGAAGGCTTTGATTT 1540918
1540919CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTAAGACTATTACCATATTAAAGAAAAAGCCAAAAAAT 1540985
1540986CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAAGTTCAGATAACGAGCTCTCTGCAAATGGGTATT 1541050
1541051CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACGAAAAAAATAAAAATGACTGACCTTTTCCTGACTGAA 1541117
1541118CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCCTATTCTTTGCACATTGATAATGTACCAGGATACAT 1541184
1541185CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCAGAACAAGGCCATGTCTACTGTGGCACAGTCATTTAGA 1541253
1541254CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAAAGGGATAGAGCTGGCAAGGTTTGATAAAGGGACTAC 1541321
1541322CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTATTAAATACTATAAGTGATTACGAATTTTAATCAAAA 1541389
1541390CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTTCTCTTTCCGACGCTCTGGAACATTCTGCTCAACT 1541455
1541456CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTCAAAGGTATAATCGGGACTTAATAACAAAAGCATTGCTA 1541525
1541526CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACACCTATCCGTATAATTCATGTCCTTATTCTATATCTTTA 1541594
1541595CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTATAAAGACCTTCAAAGACGCTTCAATTCTCTAAA 1541659
1541660CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAATACCTCATCGGGAATGCGTCGTACACCTGGTTCGAA 1541727
1541728CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGAAAACCCCGTTAGATGCATCGCATGAATAGGCGTC 1541794
1541795CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCAGGAGTATAGAGGGGTTGCTATGAATAAAATCTTTAATAAAAG 1541868
1541869CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTATAGGCATGGCTTTATCTTTGACAACGATTATTATCA 1541936
1541937CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACGGCCACCTCTCAAACTCGATCTCTCATATCTATCAAAT 1542004
1542005CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTCTATATCCTCAAAACCTATTATTCTAATTACATTCAC 1542072
1542073CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCATGAAATTAGCCGATTATCAAAATCTCAAAGGCTCTTT 1542141
1542142CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTAATACATCAAATTCAAAGGTTCTATTGCAATATGGC 1542208
1542209CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTTGAAAAGTATGCAATCCAGCCTGTTATGGCCCTGAGTT 1542277
1542278CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTCGAAAAATACTAAAAAAGGCAAGGGAGATTGAGGAT 1542344
1542345CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCAGGTTTTTCACGGAGGTAAACAAAGGCGAGAGGACTG 1542412
1542413CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAAAATTTATTTGATAGCTACCTCCATGAAGCTGAATA 1542479
1542480CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTATAGGTATTGAAATTTTTAAAACTGGATTGCATTAA 1542546
1542547CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACATGAATTTAATAACTGAAATAGCCATAACTGTATTCTC 1542614
1542615CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCCTGTCTCCTGCCTGCCATACTGTTCCTATGAACTT 1542680
1542681CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTTCAATGTCTGACGCATTGTATCTGTTTTCTAATAGCT 1542748
1542749CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGCGGAAATCCATTTTTTTGAAATTCCAGAGTATCGAT 1542816
1542817CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACGAATACAGATTTAGACCAGCGTCATCAAGAATTAG 1542881
1542882CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTCATTCTCTCATTCTCAAAATCTCAAAGTCATAGTCGA 1542949
1542950CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTTGAAATCAAAGGATATGGAGTTAGGCTTATCGTTAT 1543016
1543017CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTTCATCTTTGCATGACGCTTTGGAAAATTCGGCTCAATT 1543085
1543086CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGGATCAAAGCTTGCCTTCAACGTAATATCTTTGTT 1543151
1543152CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCCGATCCTGAATTTCTCTCAAAACAGATATTATTCGAT 1543219
1543220CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACATATATGATCAATATGATTGTATTCGGAAAATTTAA 1543285
1543286CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAAAGCTATTGACCTCGTACATCATCTCTCCGCCTGA 1543351
1543352CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAAGGAAATAACGGATAACGGCGATAAAATATTAAAAATT 1543420
1543421CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACGAATATAGAAATGAAAAAAAACTGTATGCAAGTAAA 1543486
1543487CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAAAATCCTATGCCTCTTTGAGAATTATGCAGGACATT 1543553
1543554CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGATAGAATACATCTCTATGAGTTCATATAACTCATTCA 1543622
1543623CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCCGCCTTTGTTTTCATCGTTAACACCAGTTGTATCGAA 1543690
1543691CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGATAGAATACATCTCTATGAGTTCATATAACTCATTCA 1543759
1543760CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCCGCCTTTGTTTTCATCGTTAACACCAGTTGTATCGAA 1543827
1543828CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCTCTTCCTGCATTTATATCACCTCGTTGGCAATCGA 1543893
1543894CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTATCGATAGTTTTTTGATTAAAATCGGCAATCACTTA 1543960
1543961CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGAATTCTGAATTTTTGAGCCTGATTTTGTTTTTTG 1544026
1544027CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAAAATTGCTATCGATGATCCAATGCTCAATTTTCTA 1544092
1544093CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCATGAAAAGAAAAACAAATTTGCGAATTCCATCAAAT 1544159
1544160CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTAATCTTATGAATAATGCATTCCTATGGTTATTCTCAA 1544227
1544228CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCATTGTCCCAACTATCCTTATAAATTCCGGAGCCGCATA 1544296
1544297CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTATTGAATTTGATCATTCTAATCAAACAGTCTTATCAA 1544364
1544365CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAAATCCAAACAAAGCATACCATGAATATCCATTAT 1544429
1544430CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTTAAAAATTGCTGGTTATATTAAAAAAAAGAAATAACT 1544497
1544498CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCAGATTCCGTGCCGACAGTAGGAAAATGGATCATTTTGAAT 1544568
1544569CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCGATCTGATGATATAGTGTGGCATTGGAATTTTTGATA 1544636
1544637CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTTATATATCGAATTCAACTAATCATTTTTATGAAAA 1544702
1544703CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGATCCAATTTTATAATCCTGCCTGCCAACAAATTT 1544768
1544769CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCATATTCCTTTGAATTGCAAAATCGCTGGTTTTCCA 1544834
1544835CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACCAATCGTATTATCTTTATCTAAATTCGTCAGTAATC 1544900
1544901CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTATCAAAAAATTATTTGAAAATTTATCATTTGAAAA 1544966
1544967CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACATGGCCTATTTCAGGTGCCAGGGCGAGGAATATAAGA 1545033
1545034CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTCATATGAACTGGCAGACGGCACAGCACCATCAAAAAT 1545101
1545102CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAGACTTTTTTAATTCAAAATTAAATTTTACATATGT 1545167
1545168CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGGGCGGCTGGGTTCAATCATTTCCAAAGGAATGGGACAT 1545237
1545238CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAAACGGCGTTGTTAGACTGTCTCTATTTCCTGATTAT 1545304
1545305CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTGCAACCCTGTTAAATGGGATTGTTACTCCCAATATTT 1545372
1545373CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACATGAAAAGAAAAACAAATTTGCGAATTCCATCAAAT 1545438
1545439CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACGAGAATACAGATTTAGACCAGCGTCATCAAGAATTAG 1545505
1545506CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAGCCGACTTTATTTTTTCAATATTCCAGTTTTTGTAG 1545572
1545573CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTAAAAAGACTGAAAATGATAATTTTCAATTTTCATTGAG 1545641
1545642CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTAAAATAAAGCTAATTGAATGACAAAAAACGATAATGG 1545709
1545710CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACAGATGGATCTTTCCCCCAATGACCTAAACGGCGTTGT 1545776
1545777CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAACTATAATCCTGCTTCCCTACATATCTAACAGAACCTCT 1545843
1545844CTTTCAATCCTATTTAGGTTATTATTTAAC1545873
Left flanking sequence : Till position 1540318 (length bp)
AAATTATCAAAAATAGTTAAAGTCATATTTAAAAAACAGTTAATAAAATCTAATAGGTTTAAATTTTATA
TAAAAATATAGAAATTTCAAATACAAAGAT
Right flanking sequence : From position 1545873 (length bp)
CATTGATTTTTCATTGAAATTC
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp