Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_009089_6                                                                                                                 top


Strain : Clostridium difficile 630 RefSeq :NC_009089 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_009089_6
DR consensus (29 bp) : GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGNumber of repetitions :14
Begin Position : 1434756 End Position : 1435639

1434756GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGAAGCTTTCATAGCATCCTCTTCTGAACATTCATCACT 1434821
1434822GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGTAGTAAGTTAACTCATACATACCACCTTCCCCATAAA 1434887
1434888GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGTATTATAAATCTTTAAATAGCCTTCTAAGCGTCTACTA 1434954
1434955GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGACATTATCAACATCATCTAATTTTTTTGTCACTGTA 1435019
1435020GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGTAAGAATTAACTAATGTGAATTTTTTAGACATGTCAT 1435085
1435086GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGACAAACAAGTGTAGGATAAACTTTCCTTGCCCAGTATA 1435152
1435153GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGTAACAAAATTTGCGAGTACACTTATTTCTAATATATC 1435218
1435219GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGATAAGAGTGGTTTAAGAAAATAAGTTATTTTTCAAA 1435283
1435284GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGTGACTCGTGCTATTTTTTTTACACGCCTAAGAGGTA 1435348
1435349GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGCGAAAAATCTAGGAAAAACTATTGTAAAAGCGTTTA 1435413
1435414GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGTTTGATTACATGGGCAGTTTTTTATTATAGAGTGTTA 1435479
1435480GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGAAAAATCTTATTAAAGATTATTCAAAGTCTTTTGATT 1435545
1435546GTTTTATATTAACTAAGTGGTATGTAAAGAACAAAAAAGATACATCTGTAACTAATTTTTATACT 1435610
1435611GTTTTATATTAATTAAGTGGTATGTAAAG1435639
Left flanking sequence : Till position 1434756 (length bp)
GGTATATGATAAATATTATCATTTGCACTACTCGTGGTTCACTGCAAATTTGAGAGAATTGTATAGATGT
AAGTGTTGGAAATACTCAATTTATTTTGGG
Right flanking sequence : From position 1435639 (length bp)
ACAGATATAATGTCAAAATAAGGTTAGGACTTTTAAAAGCATAGCCATATCAGTAAAAATTTAATTATCA
TTTAAAAATAAATTTTTATTTAAAGAATAC
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp