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CRISPRs details
NC_010478_1
Flanking alignement tool
Page manual
  
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NC_010478_1                                                                                                                 
top
Strain :
Synechococcus sp. PCC 7002
RefSeq :
NC_010478 (plasmid pAQ4 )
CRISPR id :
NC_010478_1
DR consensus (37 bp) :
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
Number of repetitions :
41
Begin Position :
12085
End Position :
15035
12085
GTTTCAGTCCCGTAGTTGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CGCCACTGAAGCAAACGTGAGCAACGCGGAAGCCAA
12157
12158
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CAGCCCACCCAAGATATCCCCGTCCGTGGGTCTT
12228
12229
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TCTGCCACAAAAATCAAAGCCCCCATTTTTTCTT
12299
12300
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TCGGCGAGGTCACCAAGGTCGGCTCCTGCCGCCGTGATTGAA
12378
12379
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
GCGGGAACAACTTTGATGCGATCCGAAGTACCAATT
12451
12452
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TTTGCCTTTTTGTTAATCTCCGCCATCATTGCAGC
12523
12524
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TTTTTTATTCATAGTCCTAATAGAAAAGGCGATGCCCT
12598
12599
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TCGCCATGGGCCAAATTAGAGCGCCAAGGGGAGAAA
12671
12672
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CCGTTTCGATTAATTTCAGAGGGTGCAATTTGAGTG
12744
12745
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
AACGACAAGGCTTACAAGGGGGTAATTCGTGATTT
12816
12817
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TAGGCAGGGGAGTGAAATGGTTTCATGTTGGGCTCAT
12890
12891
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CAGTAAGATGAAGGAGGTGGTGCATATCACTTGC
12961
12962
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CTAGATTTGCTTATAGAGTTGACTGTTATCGGGACTT
13035
13036
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
ATGATGGCGTTGCCAGCGTTCTCGGATTGGAGAATTTAAC
13112
13113
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CCCTGAGAAGTTTGGCTGTTTTGCTGACTGCGATCTG
13186
13187
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CATCGAGGCAGTAGAGCAAATCGCAGGCCACCTCATA
13260
13261
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TCATTGGGGTCTGCATTGGGGCCATCGCTATCGTCCT
13334
13335
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TGGGACGCTCCGTAAGGTTTGGAGAATAGGGTCTAGT
13408
13409
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CACTTCGTCGCTGATTGTCCACCGACTTGCGAGGGCTGCG
13485
13486
TTTCAGTCCCGTAAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
ATGCCCTTCTCTCATCGATGTTTGATTAAATCATCT
13558
13559
GTTTCAGTCCCGTAATCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
AAGCATTTTCCCTGGTCGCCGCTGGTAGCTTGTGGCA
13632
13633
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
GCGTAACTGTCCTAATTGTTTCTCAAGGCTTAA
13702
13703
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TGGTCTCCGTCTCGCAAACGTAGTCGCCGCTAAT
13773
13774
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CCCTAGCTTTCGCCAACTGCTGCGGCAAATCTTC
13844
13845
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CAGTGCGATTCAGCGGTGGGATAAAGAAAAATTG
13915
13916
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CCGATTCGCAAGTTTCATCATCAATCCCCGTGAT
13986
13987
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CGGAACGTCGCGCCGAAACCATCGCCAGGACGG
14056
14057
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TGATTATGTTCAAGAAATCACAACGCAAAAGAAAAA
14129
14130
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TCAAGCGAGATACCCACCAGAAAGCCTTTGACCT
14200
14201
GGTTTCAGTCCCGAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
GCGGCGGCTGATGTCGCCAATGCGGTTATCGATGGCCA
14275
14276
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TCCCAAGGGGGACAGGGCGGTGATCCTCGATGTTGCGT
14350
14351
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
ACTCGTCTATATATACAGAGATTACTACAGAGAT
14421
14422
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CGGGAAAGTAGCCTGTTTTGTGGAGAATTGCAGGC
14493
14494
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TCCTTCCAAGTCGCAAGCCAAACTTGCTTATCCTT
14565
14566
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CACGCAGCACAATGATGTGACCACTACGGGTGAATT
14638
14639
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
GATTGGTTTGGTCGGTCATGGTCTGCCTTGATGGCG
14711
14712
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TCAATCGTAGCGATTCAGGCCCAGGCGGTAGCAA
14782
14783
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
TTCTGTTCCGCCTCAATCGCTGCAAGGGCATCCTG
14854
14855
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CCAACGCGATCTATCACGGTTGCTTCGATAAAAA
14925
14926
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
CCTCTTTGAGACGAAAAACAGCGCCAACGCCTGGGT
14998
14999
GTTTCAGTCCCGTAGTCGGGATTTAGTGGTTGGAAAG
15035
Left flanking sequence : Till position 12085 (length
bp)
CGAATACTCTCAAAATGAGAGTATTTAATAACAACTTCCAGGGCTGTTGTCCAGGTTAATAAAGTGGTAA
CTATCGCCATACATTGCCACGTGGACAAAT
Right flanking sequence : From position 15035 (length
bp)
GCCCGCGATCCAGAAACCTGACGATACCTAGCTTTGCGAAGCTTATTTGGCAGATGTATCCCCATGAATC
TGATTTTACCAACGATCGCCACGCAAGTTG
Print the CRISPR sequence : From position
bp To position
bp