Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_010816_5                                                                                                                 top


Strain : Bifidobacterium longum DJO10A RefSeq :NC_010816 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_010816_5
DR consensus (36 bp) : CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCNumber of repetitions :43
Begin Position : 2262845 End Position : 2265578

2262845CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCAGGCTTCCAGCAAGCCCTCGATCGTGGT 2262908
2262909CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCGCACTCAGGAATATGGCACCGCAATCCC 2262972
2262973CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTATAAGGCAAGCGCCCAGACTTGGGTGT 2263036
2263037CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCGGAGACATTGAAGGCCTTCGCACTGTTCA 2263101
2263102CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCAACCTGTTGGCCTGGTCCCAGTCGGCCG 2263165
2263166CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCATGCTAACTATACACCTTCACTGCCATG 2263229
2263230CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCAGGAATGATTATGGCTATCATCATGCAC 2263293
2263294CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTAAATAGACTTTATGACACTGCTGCAGC 2263357
2263358CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTCCATGACCGCGTCCATCACCTCATGCC 2263421
2263422CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCACCGATTGCAACGCGAATATCCCGGGTAT 2263486
2263487CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTCCTGCAACTCCTCCTTGCGGGCCTTCA 2263550
2263551CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCGTTGTTCCGGGAACAACTGGGAACAACT 2263614
2263615CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCTTGCCTCCGTTCTGCATCCAGCTGTCG 2263678
2263679CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCACGCGGCGAAGAATCTTGTTATCGCGGCT 2263743
2263744CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCGTCGCACGTGGCATGGCATGTTGGCGAAC 2263808
2263809CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCGCCAACGGCGCGTACACCGGCAACTTCA 2263872
2263873CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCAAGAAGACCGCGACTATCGGCTACCAGG 2263936
2263937CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCGTGGGAATCCTGTTGAAGTGGGGTGAGGA 2264001
2264002CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCAGGAGGTTCAACGCAAGTATTTCACGGC 2264065
2264066CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCAGTCATTTGGTGTGCCTTTCACGATGAT 2264129
2264130CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTTGCATACGATGTCGAATATCCCCTCTC 2264193
2264194CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTGTCCTGCATTTCGTGCAAGACCGCTTC 2264257
2264258CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTGTACGCTGACGAGTTTCCTGTTGCTCA 2264321
2264322CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCGGCCCAACGGAGGTAGGTGCTGCGATG 2264385
2264386CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCCAGTTCGACGCGTAGGCGCGAGTGTCC 2264449
2264450CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCCCTTGCGCGTACTGTGCTTGTAGGTGGC 2264514
2264515CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCGTAAACCTTGTTAAACAAGTTGTCAAA 2264578
2264579CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCTGTGGCTTCTTCACCTTCGGCACCTTC 2264642
2264643CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTTTTCTCCAGCACACGGACGTAATCGGC 2264706
2264707CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCCAAGTGTGGGCCGAACTCAACAACTAAG 2264771
2264772CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTCAATTCCGCGTCAACTTTCCAGCACAT 2264835
2264836CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCGCCTCGCCGCCGCACGAGAACGAGTCAA 2264900
2264901CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTATGGTGTAGCCAACAACAAAAACAAAC 2264964
2264965CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCCCTTGCGCGTACTGTGCTTGTAGGTGGC 2265029
2265030CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTATGGTGTAGCCAACAACAAAAACAAAC 2265093
2265094CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCCGGGTAACAAGGTGGACATGCTCATTGA 2265157
2265158CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTGTTGAGGGGAACCGTATCAAACCTGATT 2265222
2265223CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTGGTTTCCGTGCCGCATTGGTCGCAGTA 2265286
2265287CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTAGAAGTGCAGATTCCGTTCCTGCAAAC 2265350
2265351CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCAGGACGTGCAACGCAAGTATTTCAAGAT 2265414
2265415CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTCGTCGATGTGCTCCAAGAGGTTTGGTG 2265478
2265479CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTCCCAGCTATTGTTCGGGTGCGATGGTGATGATCA 2265542
2265543CAAGCTTATCAAGAAGGGTGAATGCTAATTTTGAAT2265578
Left flanking sequence : Till position 2262845 (length bp)
GAAAACGTGAGATTGAGGAAGAAACGCCTGACTTTCTCACGCTTTTTTGAACGTAGGAGAGTCTGAAAAG
ATTGAAAAATAGCCCTTCTTGATAGGCTAT
Right flanking sequence : From position 2265578 (length bp)
GCTGGAATGCTTGGGTTGATTTGGCTGATTTAGCTGTGATGGCCGCTGCGGGAATGGCCCTTGCGCGGTT
GGCGGCAGAGGTTGCGGCGCGGATTGCGGC
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp