Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_014410_1                                                                                                                 top


Strain : Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571 RefSeq :NC_014410 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_014410_1
DR consensus (30 bp) : GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACNumber of repetitions :41
Begin Position : 309414 End Position : 312133

309414GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTTTTACAAATACAGTATCCAGTACAGGTGCTACAAA 309479
309480GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTGACTAAAATTAAAGCAGTAGCAAGAAGAGCAGGTT 309545
309546GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCCTCCTTCTGATATATTCTTGTCTTGATTTCTTGAAA 309612
309613GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTTAGATCCAGTTATATTATTAAATCTTATTTTTATCCAAAA 309683
309684GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACGGTGTAAAGATTTATAAAAAGCTTTCAGGTAGTAGA 309749
309750GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTTAGTCTTAACAACAATACCTTGACGCAAAATACAA 309815
309816GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCTGTCAACATAGCCATTATTGAAATACTTTGGCGGAAG 309883
309884GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCCGCTTGCGATAGCGTCTTCGACAGGACTTTCAAG 309948
309949GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTCATAACGAATAAATTCAACCTTCCCGCCCCTTTTG 310014
310015GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACGCTAATACAAACGCCCAGGCAGGAAGACAAACGGCCCAG 310083
310084GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTCAGATGCAAAAGCTAAGGATTTAATATACGCTGCTA 310150
310151GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCTTCGTCCCTGGACATTGGAGCGGCCATGTTTTCGTC 310217
310218GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACGCGTCCAAGATCGCCATAAGAATGTCCTTCTGGTGG 310283
310284GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTTAGTAACCTTAAACAATCTCATAGTATCATATCGAT 310350
310351GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCCTATGACAGTTAGCATATCCAGTACCTTGTCCGCTTC 310418
310419GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTTGTATCCGTATATCGCTCCGGCCAAGCCGCCGGTA 310484
310485GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTCAATACAGGTTAAGAAATGGAATATCTCACCTGTAT 310551
310552GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACAATGTTCTAATTGTTTAATTTTGTCATTCATAACATTAA 310620
310621GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACAGAAGAATGTCCTCCTGCTTAATTCCTCCGTCTCGC 310686
310687GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCCCTGACCCTTATCCTCCTTGGTGTCGCCCTGATCTTCC 310755
310756GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCATAATCTTCTAAACATTTAAAATTGTCTGATAATAGAT 310824
310825GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACATAACAAAATACTCCCAAGAATTCCCGCTTTCTGTATCC 310893
310894GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCTTTCTTTCTTTTTTGTGTTCAATGATCCATGTTG 310958
310959GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCATGTTGGCGACTTCTAAAAGCGCTCTATCGCTTGTATA 311027
311028GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACAAACCTTCCTCTCCAGAATAAGGCAATGTGTACCAC 311093
311094GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACACATTTTTAATAGCTCTGAACCAACCTGGAATATGTTTTAT 311164
311165GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTTCGTACCAACCAGTCACCAACAGGTTCTGCCAAGA 311230
311231GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCATCTCCAGCTTGTCACCGTTCAATATAGCGACTTGA 311297
311298GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACAATAATATGCATAATGGAAAGGCGATATAACAATAAG 311364
311365GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTTATATACTTGTCAGAAAAAATAATAAAATAATAAAAA 311432
311433GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTGATAATATAATTCCGTCTATATAAGAGCCGATAT 311497
311498GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTCTGTCAAAGTTATCTTTTTCATTCAAAACATCTCCG 311564
311565GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACAATAATATGCATAATGGAAAGGCGATATAACAATAAG 311631
311632GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTTATATACTTGTCAGAAAAAATAATAAAATAATAAAAA 311699
311700GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACATGTCAGACCATTTTAATCCCAAGAGTTCACCCCGGC 311766
311767GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACCGCCATTCTTCTATTGTAACCACCTCATTATAAATATT 311834
311835GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTATTCATTTACCTGAAATGTTTCAAAAGTTCTATGCC 311901
311902GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACATTAATTTTGCTACTTCTGCAACTGTATAAAGTATTTC 311969
311970GTTTTTAGCCTACCTATGAGGGATTGAAACTACCTAAAGAACAAAGCAGAGATGGGCAAAGCAACAA 312036
312037GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAAACTTAGTTCTCCAGTTATTTTGTTATAGTCCCAAATGAT 312103
312104GTTTTTAGCCTACCTATAAGGGATTGAATT312133
Left flanking sequence : Till position 309414 (length bp)
TCAGGAGAGATTAGAGTTTGCAGCATTATCAAGTATGATAGCTTGACGTTGACCTGATTTTTTATAAAAT
AAGAGTGGCTTTATATAAGGAAGTGAATGA
Right flanking sequence : From position 312133 (length bp)
AGTTAGGAAAAGTAAAATAAAAAATATGTCATTGCATATAATGAGGTGAGAAGTAGAATGAGTGAAATTA
TTTATTATGGTGCATATGGTTCAAATTTGC
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp