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CRISPRs details
NC_017178_19
Flanking alignement tool
Page manual
  
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NC_017178_19                                                                                                                 
top
Strain :
Clostridium difficile 2007855
RefSeq :
NC_017178 (chromosome circular)
CRISPR id :
NC_017178_19
DR consensus (29 bp) :
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
Number of repetitions :
25
Begin Position :
3263982
End Position :
3265595
3263982
ATTTAGATATGATTTAGTTAATATAAGGT
GGATGTTTTAGTATATGCTATTGTTTATTCTACAA
3264045
3264046
TTTTATATACTGCTTTATTAATATAAAAT
AAGTTTCTAAATACTCGTTGATATTGCTAATATTCT
3264110
3264111
ACTTATCTACCACTTAGTTGATATAAAAC
CTGACACTGTGTCTTGTGTGAGTCTTTTCTTTATCCT
3264176
3264177
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
GATTAAGCCCAGTAAAAAGACTCGAATCTCTTATCGC
3264242
3264243
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
GCAAAAAATGTTGATATTCCCAAAATTAATATTGATGA
3264309
3264310
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
ATTATAGAAGTACATATATTGCTGAAAAACCTCTTGT
3264375
3264376
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
AGTTAGTGATATCAATATGCTAAGCAATATTTTTACA
3264441
3264442
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
TTTATATTTCGTCGCACGGATTCGTGCGAAGGGTTGG
3264507
3264508
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
TAATTTAGTTATATCCATTTGTTTAACCCAATTAGT
3264572
3264573
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
GTTTCATTTTGCACTATATCAAGCTTAGTATACAATG
3264638
3264639
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
TTTTATATTTAATTTTAAAGATTAAAGGTATAAACAA
3264704
3264705
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
TACTAGAATTATTAAATGAAATGAACAATAATATTGT
3264770
3264771
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
GATTTAAATGCAACACAAATTATAACATCTAAGAAT
3264835
3264836
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
AAGATTGAAATTTCAACACTTTCACCTTGTATATCT
3264900
3264901
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
AGGTTAAAAAGCAATATAAAAGATTGCATGGAATTACT
3264967
3264968
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
AAGTCTCAATAACAACAGTCGAAGCAGAAAAATCCGG
3265033
3265034
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
GTAAAATGAGAAATAAAAGTAAACAAAAAGGTTTAGT
3265099
3265100
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
CTGAAACCCTCGGATTTAGTAACCGATTCTATGTCGAGTCT
3265169
3265170
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
AATCTAAAATATGTTCGTTAAAAGGGAGTGTGTAATTA
3265236
3265237
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
GTTTCTTATACAACTCTTAACTCCAAGCCCATTTTGGA
3265303
3265304
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
GTATAAAAAAAGAGTTAGAAGCATTAGACAAATGGA
3265368
3265369
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
TATAATTGGGATGGTCAGGTTTCTGATAAGGTTAATAA
3265435
3265436
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
TGTTTTTTAGTTTTCGTGATTCAAATGGTTCTTTGTT
3265501
3265502
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
AACTCATGTAACAAGTATTAAGACTTGCACCTTTAA
3265566
3265567
ATTTACATACCACTTAGTTAATATAAAAC
3265595
Left flanking sequence : Till position 3263982 (length
bp)
TGATTTTATTTATGTCTTTATTGTTTAATTTCTTTATCATAAATTTTGTTTCACCTCATTTTTGTATTGA
TTTTATAATGTTTATAGGTAAGTGCATTTT
Right flanking sequence : From position 3265595 (length
bp)
CCCAAAATAGGTATAATTGAATACATTGAAAATACTTCAATCAAGCAATTATAATTCAATAAAAACATCA
AAATTTGCAGTGAGCGAGCAGTAGTGCAAT
Print the CRISPR sequence : From position
bp To position
bp