Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_022084_3                                                                                                                 top


Strain : Thermococcus litoralis DSM 5473 RefSeq :NC_022084 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_022084_3
DR consensus (30 bp) : GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAAGNumber of repetitions :35
Begin Position : 406450 End Position : 408814

406450GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTAGAAAGAAAAGAGGTCAGTGATTTTGTTTCAAGTATAA 406518
406519GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATATATTAAAGATTCCCCTACCGTTAACCCGTCTAAAA 406584
406585GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTCATTAGCCAGATAGACACCATAGAACACCTAAAAAC 406651
406652GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATGAATTCGAAGTTTTAGTCGTAAAAGACAAAGAAGAAG 406718
406719GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTCAACGAACCAACACCATACACCACGAACGTACCCCT 406785
406786GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATCACGTGATAACATAGTCCCCGCGGCGGGGTCGTTAAATA 406854
406855GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTTTCCATACAGTTGACCGGGAATTCCCCCTTATGTTAG 406922
406923GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTTTCTCGAAATTGATTTTTAAGCCCACGTGGGCGTAGTAA 406992
406993GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATAATAAATTCTACTACTTCGTCAAGTACATTTTACAA 407058
407059GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATCGAATTTTCGGGCGTATTCTTCTATTAGCTCTATCACT 407126
407127GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTATTTTATGGCAGTGACTTAATAAGCGTTAGGTTTTGCCGGAA 407199
407200GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTGATAAACCCCCCTGTATTTGCCGCCCCGAACCGGTG 407266
407267GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTAAAATACATTGACCTAGAACTTTTAAGCATGCTAGAAAA 407336
407337GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATAAAATAACGGGGTTCACGTGAATGTTTAGCCCCTTTT 407403
407404GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATATTGCACCCGTATTATTTCCCTTTGTGTCGTCCATGCTTC 407473
407474GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTTATTTAACCCATTTAAACCCATTTAATACGGCTTTTC 407541
407542GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATATGGGTGCCGGGAATCAATGAAAACTTAAAAATCCA 407607
407608GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTTAGAATAGTGTACACTTTTTAACTAAAAAATGAACG 407674
407675GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATAGCGACTTCTCAATGGACACGCCCGTCGCGAGGTTCGT 407742
407743GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATCACTACTTCGGTCACTTGATCAGAGAGCCATTCTGCAA 407810
407811GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATGTGTTTTTGCGATGTATTCAATCTTCATGCGAGTAAATGAGGAAAA 407886
407887GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATACTATCCCGCTTTGTGAGGTTTTAGACGCTACGAACTGTTCCA 407959
407960GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTCATGAAACTCATCACCATAATGAAACTTAGTTTCATT 408027
408028GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTTCACTTTAACCACCACTTGATGCCTAACCTCTTTAC 408094
408095GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATCCCATTACCCCTCCTTTGAATGTCACGCTCTCGAAGGGTTTTG 408167
408168GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATAATTTCATTAAGGTTCTCATCGTATTTTTTGATAATAA 408235
408236GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATAAGTCCTTTTGCTAATGCGATAGCTTCGTTTACCTTCTC 408304
408305GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTTTTTTTGTTAATTCCCTGAAGATAATTGGGATATTACCACCC 408377
408378GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATAACCTCAATTGCTTGTTTTATTCCTTTCCTAAATTGC 408444
408445GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATTAGAACTTATGAAAGCTATGTAATTGAAGAGCAGAAAGA 408513
408514GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATCAGTAAACTTAACCACGTGTTGAATGTTCTTTTTAAT 408580
408581GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAATAGCCCTTTCCCCTAACATCCGCTACCTTTTTGCCCAAAT 408649
408650GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAAGTTTCGATGCCCTTAACGTAACTCCCCTCTATTACGGG 408716
408717GTTCCAATAAGACTTTAAAAGAATTGAAAGAGTGGAACTTTCGGGGGTTCCTGGACTGCTGTAATAAT 408784
408785GTTCCAATAAAACTTCAAAAAGCTCTTTTG408814
Left flanking sequence : Till position 406450 (length bp)
GAGCCTTCTTATGGCTGTTTTATTGACCCTTTGTGGAAAGGCTTATAAATTTCAAGCTCTCTAATAGTTT
TGTAGGGGATTTAAAGGAAAATTCGCCCCT
Right flanking sequence : From position 408814 (length bp)
TTCCAATCTTCTGCCATGCAGTTGAACGTTTGTCACATGAATTGGGAAAAATTTCTTGGCAATACTCAAT
ATAGACGAAAAATATTCCGTAAAATTTATA
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp