Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_013769_3                                                                                                                 top


Strain : Sulfolobus islandicus L.D.8.5 RefSeq :NC_013769 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_013769_3
DR consensus (24 bp) : GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGNumber of repetitions :118
Begin Position : 796686 End Position : 804197

796686GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCTAAAGTATTCGGGACACCAAGTGGCATCGCATTTATATTCCAAAA 796755
796756GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAGACGCTCGTAGATGACTTCTATACTTTTTTTCCCAAAATA 796820
796821GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCAGCATTTCCTAAGTTTA 796862
796863GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCACTTTAACATATTTCTTTTCAACCACGAGGTGGGTGTT 796925
796926GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAACGCACTTAATGGTTATTATCCCTTCCAGAACGGCTTC 796988
796989GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTGAAAGATTTTGAGGGAGAAGTGAAAAAAATTAATAAAAAGTTTAC 797058
797059GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAATCTTGACAATTCCGTATACGGTGGCGTTTTCTTGACGA 797122
797123GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTATGCCAAAGGTGTTAAGATTCCTAGGGTCGAAAGGAC 797184
797185GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGTGATAGACATCGAGGGGTTACTCGGGCTCTCTCACGAA 797247
797248GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGTACTGGTTGATTATTGGATCTTAGTACGGCGTCTCTAAT 797311
797312GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTAACCCCAACGATTGTTAAGAAGATTAATAAGCCGTAA 797373
797374GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCAGCATTTCCTAAGTTTATGGGTACTTTGCCTACTTTATAAA 797439
797440GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGTATGTGTCCCTTAACGTGTATAGCCTGTCCTCACACTCTT 797504
797505GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGCATTCGCCCCTCTCATCATCACTGCTAATGAGATGAGAATA 797570
797571GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCCCATCTCACCCACCGATAAAAATTTATTGAACAAT 797630
797631GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAGTACCTCGGTACCGTAATAGCCTGCTAACGCTGAAACATCTG 797697
797698GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGATTATACTGAGTTTTATCTTAATACAATTACTACCGATATAT 797764
797765GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCTTATAAATGAGTTAATTCAACCTGTTGAAAACAAAGGAA 797828
797829GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGAACAAGAAAACATTATCATGGTACCGCTTGACTACGTAG 797892
797893GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCGCCACCCAGTGCTACTGCTTCTGGGACAACTGGAG 797952
797953GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAGAACTTCCTCCTCGCCTCCCCGTGGAGGGAATCCAGACT 798016
798017GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTGAAAAACATAAAATAGACTTGAATACTGCACAGTCATATT 798083
798084GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTGAATTTTTTCGCCGTATTGCTGAGCAAATTGTAAATCAG 798147
798148GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCCGTGATGATGCCGTTTATTTCTTCATTCGTGAAAGTCCTTC 798213
798214GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATTTCATGATGTTCGCAGGAATAGCTAATGCCACTTAAA 798276
798277GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCAAGAAGTAAAGTCGGGACAGGTTCCCGAAACCGCGAGTCCA 798342
798343GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAAATGTATCTCTCTACTTATACGGGGTTCTTTTTTAACTT 798406
798407GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGACAATGTTTTACTACATAAAGAACCTGAGGATACCAGAT 798469
798470GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGCTAATGCAGAAACATCAGCTATATCGTTAAAGAACTGTTGG 798535
798536GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTGCTGATGTGCATATTAAAGGTTTTTGAGGTTTACAGT 798597
798598GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTGATTTGACTTGAAACCACCCATCTCTTCTCATTGCCGA 798660
798661GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAACGTTACGACGAGGGGTGGTCGTTGTGATGGAGGAA 798721
798722GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGTTGAAACTTTTTTCTGGAGAGGTGTCTGGATAGGCTA 798783
798784GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTCTCCAGCTCATAGTATTTTTCTTCTACGACTTTTGC 798845
798846GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATCAACATAACAAACATGAACGCGATCGGTATCGCGATTACG 798911
798912GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTCTGTGGTCGCCAGTACCCTGTCCTCGTTCATCATTTCTAA 798977
798978GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGGCTCAGTTTGCGTTAGTGCTGTTATTATTGCTTGTAG 799039
799040GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTCACTTAAGATACAGCAAAGACGTTGACGACAAATTCGT 799102
799103GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTGTGAAGTTCGAAACAACCAGAGAATGTAAGTCCTGATC 799166
799167GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTACCGGTAGCCCGCTCCTCTCATCTACGATGAGTACGGCATTAT 799234
799235GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCGGAAGATGGCATTTTTGTAACCTTGTTGTCGTAAGACACTGC 799301
799302GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCCCTACCACCTCAACTCACCCCGTTTCGTGTTTCGGTAA 799364
799365GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATCATTAGCCCTCCACCATCTCCTATTATCAGTCCACCTC 799428
799429GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCAACAATGTCAATGTCAACTACTTCTACAAACGTTTGCACCCC 799495
799496GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCTTTTAGTCCTAGTTTTATTGCAATCATGTCAACAA 799555
799556GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTGTCAAAATTTCATTAACGGAGTCCTATGTAAATTGCACGA 799621
799622GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCGAAAACTTTCGGCAGATTTTGATAAAACTTTTCTGTTATACCT 799689
799690GTTAATCTACTATAGAATTGAGAGATTAGATTGGCAAAAAACGTATAAAGAGTATGAAATGCAT 799753
799754GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCATAGCAAATTTTCGTTATTCTGCGTTTGGCTTAAACTGCTTA 799820
799821GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATATCCATAAGCACAATCAGTGCATTACAAAGTATAATT 799883
799884GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATCTTGACCGTTTTCATTTTTCTTTCACAATACTATCTATG 799948
799949GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTTCTAGTTCTTCACAATTATACATAGGAATTATAGGTAG 800013
800014GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGACAGTCACTTAGGTATTTCTTTACCGTTCTTTCTGAAATG 800077
800078GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATGCTGACATTAGAACAACCCGCAAAGATACCAGTACTA 800140
800141GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTGATGTGGACATAGCGGTATACGAAGAATAATTTGTCTAG 800204
800205GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGCACAAGCAGGTGCCTAAACGTGAAAAGGTATGACCGTA 800267
800268GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTATGAAAAATCTCTTTCAACATTTTCAATCCCATTACTTCT 800332
800333GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAAATTTAAATGAAAAACCGGGGGTTTAAAAATTTTACTGTT 800397
800398GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAATATGTAATTTATATCATCTCAGAGACAAATCAAATAC 800460
800461GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCTTTCAAATTCTTCACAATTATACATAGGAATAATAGGCGA 800525
800526GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATCGTTATCCCCTCCTTCTCCAAGTATTTTGCCAATTTAG 800589
800590GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGCAAACATAGCACAGGGAATATACAACGGTATACTTGACAT 800654
800655GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAAATATTTTACTAGATATCCGTACCCTGCCGTTCTTGTTCTTCC 800722
800723GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTATTCTACAGCATATATCGACTTTAGCATTAACTTGAA 800784
800785GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGACATTATGCTATAAAATGATTAGTGAACAAAGAGCTA 800845
800846GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAACCCTCTCCCGACGGGACTGCCGGTTTCCCGTTACTCGA 800909
800910GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTGAGAAAACATCATAGATGCCATTGATAGCTGAGCTGG 800972
800973GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGACTTGTGCAAATCCAAATTCGTCTTGATTCATGCAAAAATTATT 801040
801041GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTCTTCATTAACTCTCACTAACTTGACCTTGATATAAACATTTCT 801108
801109GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCTAACATATATAATTCTTCCTCGCACTCTAGCCCCAATCCA 801173
801174GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTCAATTACTAAAACATATTCCTGAATTTGTGGAAATTACAT 801238
801239GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTACAAATTCGCCGAAAGAAAATACAGAAAATTTAGATAA 801301
801302GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCTCGTTCTTCTGATTTCTTAACCACCATGATTGTTCTCAT 801365
801366GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCATAATACGTTATTTCACGTTCATTCTTGTCTGTTTTG 801427
801428GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTGACAACATGATTATATATTTGTAGTGAATCGATGTACTCAAA 801494
801495GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATTATTTTCTTTGCCCCTTTAAGCAAAAAATATAATGCA 801557
801558GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCAAGATAATCATGTTCTGTTTTTAGAAATTTCATCAGTCTT 801622
801623GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATAATGCTACAGACAATACCAAGTGATAGACTAGAAAA 801684
801685GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCGTGGTTCTTAGACCCCAGTGAATGGGAAAATGTAG 801744
801745GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGTTCAGTTATTTTCTCATATGGCAGTTCGACAGTCAACCG 801808
801809GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTCACTACACTATTTTTGTCATTTATCGTAACGTTTCTGA 801871
801872GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAGAAATAGCGGAACAGTTCAAGAAGAAGAATTAGAATTTGA 801936
801937GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTCAAACATATATTTCGTTCTCGTTAATAATGGTGTTACTGTAG 802003
802004GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCATAATCCCCAGGTCTTAGAAATACTTCATTTGGCTTTT 802066
802067GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATGCAGCCGTTATTTTATTCAATGAACAATTTTTTCAA 802128
802129GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATATGGGTAGGGTTTGAATTTCTCGTCATAAAGGGCGT 802190
802191GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTCTTCTCTCAATGGAGTAGCAGAAAGCCCTAGTCGTATCGA 802255
802256GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTCTTGATATTGACAGCAAATGAGTGAAATGCACCGGC 802317
802318GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTATAGACTACCTTGAGGATCATAAGTCACTTTTCACGCAA 802382
802383GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATTGTGACTGTACTGTAGACGCAGTTAAAGGTATCAGTGT 802446
802447GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTCAATACCAGAATGTTCAACTATAATTACAGAGCCTACAC 802510
802511GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGTTGTAGAAATTTGTTGTAATGTGTTACCCTCATTATTGA 802574
802575GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAAGAATTGTCTGAAAATAACTGCATCTTCTCCTGAAGAA 802637
802638GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGGTTGTAATACGAATTGTATGCTTGTTTCAGCGACTAAGA 802701
802702GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCATCATATTCTCTGCTCCACGAAAAATGTCTAATTAATT 802764
802765GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATTTCAAACCTGACTATAATTATTAATTTATAACTACTAAT 802829
802830GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATTGTAATTGGTGTAATAAATGGAGTAAGAAATTGTGTA 802892
802893GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCGCTCTTCATATTTCTTTTTCGATAAATTCATTTTTATT 802955
802956GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAATCTTGACAATTCCGTATACGGTGGCGTTTTCTTGACGA 803019
803020GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTTCATTAAACATTTCTGATAATTTCTTTGCTACACTAA 803083
803084GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTTCGGGTCGTAAATTTTTAAGTAAGCAAGTACCACGT 803146
803147GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAATTTTAAAGCTGTTGTGTTACAAGATTACGATTATGA 803208
803209GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAAACTTATCAAACATTCGTTTGCTTTACTCATTCTTACAC 803272
803273GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTAACGCTAAGTAGACTGCAGTGTCTCCAACGTATGCACCTATGTCTT 803343
803344GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTAGTTTTTATCGAGGGTCACACTTTAACGAAAATATCTCT 803408
803409GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTTATTTCGTAATTGTTTTTTTAAATCAATCCTGCAAA 803471
803472GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTAACTTCAACTGTTTTCATTTTTCTTTCACAATACTATCTA 803537
803538GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTGGAAGAGGCGACCCCGAGTCACTTTGTACTATTGACGA 803601
803602GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTAATTTTTTTCTTTCCCTTTTCGTCTTCCATCCTTTTAT 803664
803665GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGTCTTATCTACTTCAATCACCCAAAGGTCTTTATTTAATT 803728
803729GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAATAATGTTAAAAATAAATTATGGAGGATGGAATCCTAGT 803792
803793GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTATTATTTTTAAATGCCCTTGCTCTTCTTTCAGCGGG 803853
803854GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTAAAATTCATTAGCTTTATCCAAATCAATGAGAAGCATA 803917
803918GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTATCGCCGTAAAGCTGGGGTTAAAGGAGGAGAAGAAGAAAGG 803983
803984GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGCTTCGCTTGCAGTATCATCGAAACTTGCGACATAAAACT 804046
804047GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGTTTTTGCATAGTTAATATTGGTGATAAAAAAATGGAGA 804109
804110GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTACAAAACTCAAAGCCTATGTACTCGCCATCGTTAAATAG 804173
804174GTTAATCTACTATAGAATTGAAAG804197
Left flanking sequence : Till position 796686 (length bp)
GAAAGATAAAAGTAATATAATACTAATGGAAAGAGTAGAGAAGAAAAACTTATAAGAAAGGGAGAATAAA
AGATAGAATAGAGGGTTATAAAAACCCTCA
Right flanking sequence : From position 804197 (length bp)
AGGGCTCATCTTAAATGGGTAAACACGGAAACATCGTTTGGTGTTATTCAACTCTTTTGAGGGAAGAATC
TAGTTGAGCCTATAGCATTTCAAATTACTT
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp