Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_014410_4                                                                                                                 top


Strain : Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571 RefSeq :NC_014410 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_014410_4
DR consensus (30 bp) : GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACNumber of repetitions :59
Begin Position : 2643518 End Position : 2647416

2643518GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACCTTTATAAAAATCATGTGCATCTGAACCTATTAATTT 2643584
2643585GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAGGTTAAGAAGAGGTATCCAAAGGTAACATTTTATCG 2643651
2643652GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTACTTTGCCTACAAATGTAAACATTCTGTATGGA 2643716
2643717GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACCTTATACTATACCAAAACTGAGTACAAGTAAAAACAG 2643783
2643784GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACATTATTGATAGTGATATTGTAGGTGACGAAATATGTTT 2643851
2643852GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACCAGACAAAGTTTGTACATTAGTATCAACCAAACTAG 2643917
2643918GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACCAAGGACGTAGTTATCTGATCACACAATAAAGGAAG 2643983
2643984GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTGAGTGTATATAACAAAATAGGGAAAAATTCAAGTTA 2644050
2644051GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTCATACTACCAAAAGAAACAATGCAGGGAAATTGG 2644116
2644117GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTTTAGCATATCTACTCTTAACTTCATCATATCCCA 2644182
2644183GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTTTGCTCCCTGATTTTTTCCAGCCCTTCAATGTTT 2644248
2644249GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACCAAGGTCTAACACAGCAACAATTATCACAATTAGGAG 2644315
2644316GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAACGGATCGTCAATACTGTCTACAGGCTCAAAGTCTGG 2644383
2644384GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGGGAATCAGTAGAAGTATAAGAAACAAGATTACCT 2644448
2644449GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACATATTTGCTACAAGAAAACTTCTTGGGGGTGCAGAA 2644514
2644515GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGGTTATGCATAAGTCTCTTAAAAAATATTTTTGGCT 2644580
2644581GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTAAAAGAGTAGTGAGAATTTATTAGGAGGTAATTTTA 2644647
2644648GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAACCTACTAACGAGCCATCATTTTTTGGTGCAGTAT 2644713
2644714GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTAGAAGAAAACATAAAAGAAAAATTTAATAAATTCTA 2644780
2644781GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAGGAAATTTATCACCAATATTAATATTGTTATGAA 2644845
2644846GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGGGATTTGAATATGAATTTACGTGCACCTTTTTGCT 2644911
2644912GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAAAGAAAGGTTTTAATTATACAAGGAGGAATAAGTA 2644977
2644978GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTCAAAAAGTTTTAAAATACACTTGGACGAATAAAAT 2645044
2645045GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACCTTTTTCACGAAATGGTACATTCAACAGGACATGAAA 2645111
2645112GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTTGATTTTATTTTTAATTATAAAGCAAAAAAGTACGT 2645179
2645180GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACCTCTCTATTGTATTACAAAGAATATTATACAAATCAT 2645246
2645247GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACATTGGTCTAAAGTGTTTGGATCTGGTACAAGATTAGGG 2645314
2645315GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTAAAAAAAGAAGGTGTACCGGTTAAGCTTGTAAGAG 2645380
2645381GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTGTGCAAGAGCAAACATTCTTTTTGCTTGTTTTTGTG 2645448
2645449GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGGGGGATATAGAGGGGAAGCCAGCCAGCTTCACGCCAA 2645516
2645517GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTAGACATTGAACTTGTGAAAAAGTATGAGGGAATGGAA 2645584
2645585GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTTGGATCCAGATAGAACGATACTTGGCACATATGG 2645650
2645651GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACACCAAACCCAAAAACCTGGCTGAACGAGGGAAGATGGGA 2645719
2645720GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTCTTGTATGTTTCGACAATTCCCTCTTCGACGTATGT 2645786
2645787GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTAATTGTCTGGGCTTTCTCTTTTTAGGAGGGATAGAA 2645854
2645855GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAGTTAATCCCACCAATTCTTTATATATTTTTTTAAA 2645920
2645921GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTCCTTGCAGTTTTGACAGCATCCTGCCCAGATACAAC 2645987
2645988GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACATAATCAGATTTTAAGTTATAAAAATATAACAGATAA 2646054
2646055GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTATCGCAAAAATATAATATTCCTTTAATCACTGGAAC 2646121
2646122GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAGGTTTTTGGGTCGGATTAAGATTACAACCTTTAAT 2646187
2646188GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGAGCGACACAAGATGTTGTTGTGGAATTGATACAATAAA 2646256
2646257GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAAGAAAAAGCCGAAGAAATTGTAAAACCATTTATACAGG 2646325
2646326GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACATGTCTGGACTGGAGTTCCGGATGCAGACGATATCG 2646391
2646392GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGTAAAAGGCAAAGAGTGGGAAGAGCAAAGCATCGGTG 2646458
2646459GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAAAATTATATGTTATTGGATTATCAGATGGTATAAT 2646524
2646525GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAAAACATTGAATTAAGGATACAAGGCGACATAATAAG 2646591
2646592GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGCCTTTCTTTAATTCCTAATTCCTTTGCTGTATCTC 2646657
2646658GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACACTGACAGCTGCCCTGATTTCATGGCGTTAATGTTA 2646723
2646724GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACCTATGGCGGGTAACACAAAACCAAAAATAAATATTAA 2646790
2646791GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTATCAGGGACAAGCACAGCACCTGCATACCAAGCAAA 2646857
2646858GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGTTTCGCTGCGTGTGTTGGTTACATCACATGTAAAA 2646923
2646924GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACCCACAGGCGGGATATTTACAAAGCCACATATAGCAA 2646989
2646990GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGCGCAAGACCAGGCACAGGCAAGACGGCATTCGCAT 2647055
2647056GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACGCAGGATATTATATAAAATTTAACGCTGATGTAATTT 2647122
2647123GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTAAGTTTTCAGAGTGCATTTTTTCTGTAAAATGAAT 2647189
2647190GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACTTCCTCCAGTTTCTAAATACCACTGTGCCAAAATG 2647254
2647255GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACACGTATGCGCCTGCTGGAAGTGACATTCCATACTGT 2647320
2647321GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAACAAATTTGCTAATAATGCTAAAATATAATTAAATAAA 2647386
2647387GTTTCAATTCCTGATAGGTAGGCTAAAAAC2647416
Left flanking sequence : Till position 2643518 (length bp)
TAAATTCCAACAATAATATCTAATAAACTTACTATAAGTACAAGCCATATTGACCAATATTTCATTTAAT
TATCACCCTTTCATTTTAAAATCTCTGTTT
Right flanking sequence : From position 2647416 (length bp)
TCATTAAAATACTTAAAATCCAATAAATTCTTAAAATATAAAATACCATTTATGTAAAGTTTATAACTTT
ATTATATCATAAAACGCAGATAATTCAACG
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp