Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_015571_5                                                                                                                 top


Strain : Porphyromonas gingivalis TDC60 RefSeq :NC_015571 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_015571_5
DR consensus (30 bp) : GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATNumber of repetitions :17
Begin Position : 293621 End Position : 294703

293621ATTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATGGGGATGAGCGGCGATGGCTTAATCGGGCGTCTGTT 293686
293687GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATTTGCATACCGACCTCTTCCAACGAGCCTGCATCGCTC 293753
293754GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATTTCCAGCCTGCAGACGACAAAGCAGGCGCCTCGAAGG 293820
293821GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATGGCGTACCCCCTATGACAGCTACCCGGCTACTCATC 293886
293887GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATGATAACTGGTTCGAGGAGTACGAGCGTAATATGGATA 293953
293954GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATGGGGGGCGGGCAGCACGGCGGTGATCTGCTTTTCGG 294019
294020GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATACGATCGCCGGCGAGGATCTTACCGGTTACACGGTA 294085
294086GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATCGGAATGCTACTTACTATGCGCGCGCATCCTCGC 294149
294150GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATGACGTTTATCTTATAGTCGAATTGATTGCTCATTGT 294215
294216GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATGAACAAGCTGGTCGTTCAGAATCATTATCACTTT 294279
294280GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATCGGTAGCGAAAACTACTTTTTATTTCAGGACAAAGA 294345
294346GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATTCTTCATAGAACTGTTGTTTATTAGTGATGATATGTT 294412
294413GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATTGAGCTATTTCTTTGTCGTCTTGTCTTGAGACTTG 294477
294478GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATTAGAACATACTATTAATAATACATCAAGAACATC 294541
294542GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATAATCGGCGCAAAGGACTACGCCGCCGGCAACCACGGC 294608
294609GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAATTTCGCTCCCTTTTTAACCCCGAGCGCGGGCATATT 294673
294674GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT294703
Left flanking sequence : Till position 293621 (length bp)
AAATACACGCTAATCGCCGTGCAAAGGTCTCTATACCTAAAAAACAAGCCAAATAACCCCGAAACTAGTT
GTCAGTTTTTGGGAGTAGTATAATGGATAC
Right flanking sequence : From position 294703 (length bp)
TGTCATGAGACCTTTGCAAAATAAGGAGGTGGAGGGAAGAGGAGTTCTTCGCATAAAAGGAGCGAGTGAA
AGGGGTGGTAGTAAGGAGTGAAAGTAGTTG
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp