Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_017178_20                                                                                                                 top


Strain : Clostridium difficile 2007855 RefSeq :NC_017178 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_017178_20
DR consensus (29 bp) : ATTTATAACTAACTTAGTGTAATTTAAACNumber of repetitions :10
Begin Position : 3510931 End Position : 3511553

3510931ATTTACAACTAATTTAGTGTAATCTAAACTTGTAGTGCCTAGTCACAACTCTCACCCCTTCAATA 3510995
3510996ATTTATAACTAACTTAGTGTAATTTAAACCTCTCTACTAAAATTACTTCCACATATAGCTACAGA 3511060
3511061ATTTATAACTAACTTAGTGTAATTTAAACTGTACCTGGGTCTTTTATCTTACTTGTAAGTGTACTTCT 3511128
3511129ATTTATAACTAACTTAGTGTAATTTAAACATTGCAGATAGGTCTGTGCCATCATTCGTGCTGTTAC 3511194
3511195ATTTATAACTAACTTAGTGTAATTTAAACTGGGATGGATTTTGAAGCTTCTATGTCAAATGTACA 3511259
3511260ATTTATAACTAACTTAGTGTAATTTAAACGAAACCTCTCTTTAAAATTATTCATAGAATTTATAAA 3511325
3511326ATTTATAACTAATTTAGTGTAATTTAAACATTGTTGCTAGAAAACATTAAAATACATTACACATA 3511390
3511391ATTTATAACTAACTTAGTGTAATTTAAACGGCTGGACTTGTAATAGTTGTAACTAAAATTAGTGAA 3511456
3511457ATTTATAACTAACTTAGTGTAATTTAAACGGGTAGAATGAATCAAATAGCAAAAGTACTTTCCGGAAT 3511524
3511525ATTTATAACTAACTTAGTGTAATTTAAAC3511553
Left flanking sequence : Till position 3510931 (length bp)
GTTGGGGTATTATTGGGGTATAATTTTCTACTTTCTAAAACTCTTGCTAATTCAATAATATAAATCAAAC
TCTCAGTTAAGTTTCTTAATGAATAAGTAA
Right flanking sequence : From position 3511553 (length bp)
CCCAAATAAAACTATAGTAATTACAACACTTGTAGGGTTATTAAAATAGTTAATTTGCAGTGAGGCACCA
GTAGTGTTTTTAGCTAAAAACAAAAATTCA
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp