Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_015681_1                                                                                                                 top


Strain : Thermodesulfatator indicus DSM 15286 RefSeq :NC_015681 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_015681_1
DR consensus (30 bp) : GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACNumber of repetitions :59
Begin Position : 238340 End Position : 242248

238340GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACCTAACTCTACTTTCTTTTTCCCCTGCTGTTTTGTAG 238405
238406GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTATTTTGTAACTTTTCTTGTATCTCATCCCAACCA 238471
238472GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACAAAATCCTTGATAAATTCCTGCTGCTATTCTTCTTAG 238538
238539GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACAACAATTAAAAAATTCTCCTGCTCTTTCCCCTCCAGC 238605
238606GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGAAGGTTATAGAGCTTTGATTTCTTTAGTTAAACAGG 238672
238673GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTAGATTTAAAAATTAAGGTAGCAGTTAAAGAAGGA 238738
238739GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTGGGCAACAAATATTTATAAAATCACGCCCCACATT 238804
238805GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACATAGAATACAGCTAAGAAGAATAGCAGCAGGAATTT 238870
238871GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGGGCTTTAAGAGAAGACTTTGGAAAAGTGGTTGGAG 238936
238937GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACAAGTCTCAAATATTTAATGCAGTTAGCACAGTATTTG 239003
239004GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTCCCTTAGAGGGACAGGTTATGTGGTAATAAAATCCT 239071
239072GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACCTAACAAAATCTCTCCACTTTCTCATAAAAACCTCC 239137
239138GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACATAGACATAAGTGCGTGGGGGACATACCCATTTGCGT 239204
239205GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGACTGATGGAACATACGGCCTCCATTCAAGCTCTCCC 239271
239272GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGGGGGTGTGGGTGAGGAAAATAGAAAAAAGAGTACTG 239338
239339GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACCAAGAACTTATACTTTTTAGGAAAATGTTTCTTAGCA 239405
239406GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTCATTATTGAGGCTGACACAGCACGATGCGAAAGCCC 239472
239473GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTCTTCCTGCTTTTTGGTTTTTGGATATTTTTGGTTACC 239540
239541GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACCGATTTCCGCGGCTCTAATACTCCATGGCGGAGCAT 239606
239607GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGGTAGCGTTCAAGGGCTGTTGCGTCAAAGCCTTGCTC 239673
239674GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGTGCGTAACGCCTGAACATTTACCCTGGCATCTGCACA 239741
239742GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTGATATTATTAGTGAAAATCCTTACTCATTGACTC 239807
239808GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACATATCCAATAGTTATTATTCCTATGACTTCATCTCAC 239874
239875GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACATGGCAAAATAACGGGCCGCCCTTTCTGCAGCCAGAGT 239942
239943GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTACCTAACCTCTATAAATTTTAGCTTGAACGAAGTA 240009
240010GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACATTAAACTAATTTGGTTAGCAAGAAAACACACCACA 240075
240076GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTAATCATATTCAGATAAGGCCTCTAACAAAGGAACTA 240142
240143GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTTGGTGGCCGTCATACCCTCCGACTATTTTCACTTT 240209
240210GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTAAAATGTTTTATCCCCTGCCTAATAGTTCCCTTGA 240275
240276GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACAAGCTAAACTTCGGGACTTGTGAAATAGTCATATCGA 240342
240343GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTTCTTCTATGCTCCGCATTATTTATCCTCCAATAAA 240409
240410GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTCGCCACCAGCCCGGATAATACGGGCATTCTTCTAGC 240476
240477GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTCGCCACCAGCCCGGATAATACGGGCATTCTTCTAGC 240543
240544GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTTTGCCATCGGTCAGGTGCCGGTGGCCGTCCAGGTA 240610
240611GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTAAACTCTGCTTTGGTTAACCCTAGGCCCGCCTTTAC 240677
240678GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTACCAGACTTTTGGTTAATATTATTAAGCTCGTTCT 240744
240745GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACAAAGATTGAGCATCAACAGCGTTAATAATAATGTTGT 240811
240812GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACCTTTATTGGTAAAATTATCAATTGTAGAGGAATTGA 240877
240878GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGAAGGACAATGCAAATAATACTAACCGAGAAACCAAG 240944
240945GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACCTAAACCTTCTGCACTTCTTTGAATTAAAGCCACTGG 241011
241012GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGATATGGTAATGGAGAAATGAAAACAACAGCGTATTT 241078
241079GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACAGCATTTTGGTGAGGAATTTGAGCGTTATATGGGAGT 241145
241146GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTTTATTATTCATTTCCCCCTTTTTCTATGTATTCTT 241212
241213GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTTTATTATTCATTTCCCCCTTTTTCTATGTATTCTT 241279
241280GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTAATCCCACCGGAGTGGTTCCGGTTCAGCAATGCATA 241346
241347GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGCGAAACGTCTGGCTTCAAGAGGGGACAACCTGATTCG 241414
241415GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTCGGCACCCACGAGGCAGGAATCTGGCGAAGAGTCGG 241481
241482GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACAGCATTTTGGTGAGGAATTTGAGCGTTATATGGGAGT 241548
241549GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACAAAAGCTTGAGGTAAAACTGGAAGAAGTCTTCCCTCAG 241616
241617GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACAGTACTAACTAACTACTTTCTTAATACTTAACTAATA 241683
241684GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACACCTCATTTCCGAGAGCCTTAGCAATGGCACTTTTACC 241751
241752GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACACCTCATTTCCGAGAGCCTTAGCAATGGCACTTTTACC 241819
241820GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACGGTAAAATTTCTTTGTTACGCATATTCACAATCCTC 241885
241886GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACCTGGATCGGCCTATCGATGTAATTTTTGGTGCCTTAGT 241953
241954GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTCGTCCATGAGGGCTGGCACGACCGAAACGCTTCGAG 242020
242021GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTTGAACGAGCTCATGCGGAGGTTCAAAGGGAAGGA 242086
242087GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTTTGAACGAGCTCATGCGGAGGTTCAAAGGGAAGGA 242152
242153GTTCACAGCCTAACTAAAAGGAATGGAAACTGGCCTTACGATAACGGAAGGCGGCTCTGAGAGAGG 242218
242219GTTCACAGCCTAACTACTAAGGGGAGCACT242248
Left flanking sequence : Till position 238340 (length bp)
CACTACTAGGGGTTAAGCGGCTAAAACGCAACTTTCGGAAGAATTGACTTTTCCTGAAACCCTTGGTATT
TAAGTCTAAAATGCTCTTTGAACTGATTGG
Right flanking sequence : From position 242248 (length bp)
AAATAGGCGACAATTGAGTCATTTTGCGAGCGAAGCGAAGCAATCCCTGAGACTGCTTCGACCTCTAACG
AGGCCTCGCAGTGACAGCGAAGGTTACTTT
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp