Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_019729_39                                                                                                                 top


Strain : Oscillatoria nigro-viridis PCC 7112 RefSeq :NC_019729 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_019729_39
DR consensus (37 bp) : GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACNumber of repetitions :42
Begin Position : 4873443 End Position : 4876460

4873443GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACGGAGCGTGACGCTGAGAACGAGAGCTAGCGTGA 4873512
4873513GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTGGAACAGCCTTGGGCGCTTATGGCTCCTTTCTTT 4873584
4873585GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACCTAAAATCGCGCAACATCAAATTAACAGCAGCATCAA 4873658
4873659GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACAGAGCTAATGCGGCTGCTGCAAGTGAATAATTTTTAT 4873732
4873733GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTTGACCGGTTCGCTTTCGGATACCGCGAGCGCGGTTGGATTC 4873812
4873813GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACAAGGGGGCGCTAGGCATTTTACATTGCTCCTCTCA 4873884
4873885GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACAACTCCCTTTCCTCGTCATCGTCGGGCGGTTCC 4873954
4873955GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACGCCTTTCTCGTGTGATTGTACATTTGCGAGA 4874022
4874023GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACGAGAAATCTTTAAAAGCAATTTACCGAGCAAATCAG 4874095
4874096GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTCACGATGGCTGCCTTATTAGGCGGGACATTGT 4874165
4874166GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTCTTTGGTGTCCGGGGAATCTACGCCTCTCACCCTG 4874238
4874239GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACCGATTAGCTACGAACAATTGGACGATGTAGATGA 4874309
4874310GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTCACCTTTATTGTTCGCCTGGGATTCTGGTTGCTT 4874382
4874383GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTTAAATATTAGTTGGTCATTCCGCAATTTATC 4874452
4874453GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTAAAACTCTCAGAGTAACCATGAACCCCATCGGGGCTAA 4874528
4874529GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTTAAATATTAGTTGGTCATTCCGCAATTTATCAGACCAAATA 4874608
4874609GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTACAAAAACGATCGCACATTTGACAAAAAGTTGT 4874680
4874681GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACGTTCGGATTTATGGGAGCGAGAATAATCTCTCCCCTA 4874754
4874755GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTCTGATTAGCTTTGTCAAAGTACCTTGCACCCTT 4874825
4874826GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTACTTTGTCTCCTTGTGGCTTGACTCTCCTGT 4874895
4874896GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTAGTTTTCTGCCCCAGGAATCTTGACTCTCCTGT 4874966
4874967GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTATGTACGATATATCAAAGAATCGTGATTGTT 4875036
4875037GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACACAAATCGATTGATTGACGGATGATTTGGACT 4875105
4875106GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACCCAATACTACAAGTAACTCCTTGAATACCACCGCCACCACAA 4875184
4875185GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACGCTAATCGTCGGTGTACTAGTCGGTCTGCTAGT 4875254
4875255GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACAAGCCAAGCTTTCCGGCTTCCAATCTTAAAGGAAC 4875326
4875327GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACATCAGCAGCCGGAACAAATAGCGACCGATCTTATTA 4875399
4875400GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACAAGATGATTTTTAGAGAGTGAACAAATCCGATTA 4875470
4875471GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTCTATATCTCGGTTTCCGTTATTTTCAACAAGTCGA 4875543
4875544GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACAGAAGAACTTAAAAAGGAAACGCCGCCGGAACCTGTTA 4875618
4875619GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTACCGATCGCCCGCAATTCGATTTACCCCACGGGAAGCAG 4875695
4875696GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTCCACAACTTCGATTTGTTCGTCAGCGGGCGATC 4875766
4875767GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTTCTTGAGTGCGTTGAGCTTATTGCCGTACTGTCT 4875839
4875840GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACGAAAATTGTTAACCTTCCAGCTTCTCTCAATCCAC 4875911
4875912GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTATCCTGTTTGGGGTTATTCCCCGCCCTTTCGGTTTTCA 4875988
4875989GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACAGGTGGATTCTCAGTTCTATCGAAGGGATTAGGG 4876059
4876060GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACCACACATCGACAAATACAATTCAACTTCCTTGCTAATC 4876134
4876135GCCGGAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACTTGTCCGTAGTTTTGCCAGAGTTGCAAATACGTTT 4876206
4876207GCCGAAATCAACCTAAACCCCTATCAGGGATTGAAACCAGTAATTGCTGATGAAGTCTCATCAGAACAGGCTTC 4876280
4876281GCCGAAATCAACCTAAATCCCTATCAGGGATTGAAACCTGTATATCAGTGATTCCCGTAGCATTCCTAAATC 4876352
4876353GCCGAAATTAACCTAAATCCCTATCAGGGATTGAAACTCCTTGCGATTGACAATGAAGCCCGCCAGCGAGC 4876423
4876424GCCGGAATCAACGTAAATTCCTATCAGGGATTGAAAC4876460
Left flanking sequence : Till position 4873443 (length bp)
TTTTGTCTCTTGACAGGGCGGTGGCTGAAATGATATTTTTTGGATGCTTGACGGAACTGTACCTTGAAAA
CTACATACTGTAATGCTTCTGGCACGGGCG
Right flanking sequence : From position 4876460 (length bp)
TTTCGGAAGTATTCAGGAAGTCCTGGACGCATCAACACCAAGAAACCGGGTTTTTTACGGTTTCTGGGGC
TGTAACAAAGTATTTCGTGAAAAACCCGAT
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp