Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_021592_1                                                                                                                 top


Strain : Ferroplasma acidarmanus fer1 RefSeq :NC_021592 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_021592_1
DR consensus (30 bp) : ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACNumber of repetitions :14
Begin Position : 15 End Position : 919

15ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACTTATTAGACAAACCAACTAATATAAAAGAAATGCTTA 81
82ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACCTAAAAAAAGATATAAAGCTCATTTACCTAATTTTTC 148
149ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACGGTGCTGCTGGATTCGATTTAGGAGTTCCTGAAAGC 214
215ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACTTGATGAACAACGTTGTAATGACGTTTAAATTATTTTAA 283
284ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACCTGAAAAATTAAGGGATTACAAAAACCAGCTTTTAAAAG 352
353ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACTGAGGGATTACATTTCCCCGTATCTTTTCCCGCCAGGGC 421
422ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACCTTCTCGTTGGAGGTTCTCCATGCCAGGATATATCCG 488
489ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACAATATCTTATAGGTCTCACTGCAACCGTCAGGGAATA 555
556ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACAAAAAGAGTATTGTTCTGGTAAACTGTTGCACTTGC 621
622ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACCGTGCCTCAATGCCAAGGAACAGATCCCTTGTGCCAA 688
689ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACTCTGCACAGGGAATATCATGCCCAGCAGGTCTCCGT 754
755ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACAGAAAATTCAACGGTTTCATGAAGATGGCGAGATAAT 821
822ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAACGTTGATTTTTTAAATGATTATGCCTTTTTTTGGTCTAG 889
890ATTTCAATTCCTATATGGAATTATTTTAAC919
Left flanking sequence : Till position 15 (length bp)
ATATTCCCATTTTG
Right flanking sequence : From position 919 (length bp)
CCAGTTCATTAATTTAATAGTAACACAGTATATTACTTAATTTTTGTGAATTTTTACGTTTATATGCAAT
TTTAAAAATTTATGAGTTTTTTTCTATGAT
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp