Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NZ_CP015206_1                                                                                                                 top


Strain : Pediococcus acidilactici GCF_001767275 RefSeq :NZ_CP015206 (chromosome circular)
CRISPR id : NZ_CP015206_1
DR consensus (36 bp) : GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCNumber of repetitions :34
Begin Position : 1856880 End Position : 1859093

1856880GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCAATTTCGATTAATGTTCGCGAAAATCAAGT1856945
1856946GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTATTCCGTTTTTGATAATCAAGAATTGTTC1857011
1857012GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCATTTCCACTAGCAATATCTACTTAATTTTC1857077
1857078GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCGATAACTTCGCTATCACGTTCATCGTTGTA1857143
1857144GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTAGTGGCGTAGCGTGCAAAATGGTAACCAT1857209
1857210GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCAGATTAATTTAGCAATCATTCTAATAGCTC1857275
1857276GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCAGTTAAGATTACGCCTAAGCAAATGGAATT1857341
1857342GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTAAAAACAACCCGGATAGAATCACCGACAA1857407
1857408GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCCAATAGCCGGTGCATTGTCTTGTTTCTCGT1857473
1857474GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCGCTGCTACAAGTCCCCAAGGGCCTAGCGCT1857539
1857540GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTTTCATATATTTTTTCATAATATTCTTGAG1857605
1857606GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCGCACTACAACCGGGCTAGCACGAGTGACAA1857671
1857672GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTTCGTTTGGTGAATCTGGGTGAACGTGTGC1857737
1857738GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCGAAGCGGACATTGCTTCGGCAAAGGCGGAA1857803
1857804GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCATTTGGACCAATGAATTCGATAAAACGACT1857869
1857870GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCACCAAGCCATACCGCAGTAATGAAGGACGC1857935
1857936GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTGATTGATTAATCAATGTTTTAAGAATCGG1858001
1858002GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCCTCAAATTGTTGAAGCGAATATTAAGTTCG1858067
1858068GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTCGGGAATGTCGTCAACTTCCGTGGCGTGT1858133
1858134GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCCTACTGACTACAGCCTAACCCTAGGCTAAC1858199
1858200GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCACGTAGTCGGCATTATTAATACGGTATTGA1858265
1858266GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCGAAGCAAATAAAAACACCAAAAAGGCGTCT1858331
1858332GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCAATCAATTTTGGGATAGCACCGGTGGTAGT1858397
1858398GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCAAGATTGATTATGCAAGAATGACTGAAAAA1858463
1858464GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCCCCATCAACAACCTAACACGGGGGCAAGGG1858529
1858530GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTTCATCATAATGTTGAATATAGGTATCCCT1858595
1858596GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTAGGCAGTGTTGCATTTGCCGCAATTCCGC1858661
1858662GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCGATAGGCTTGGAAATGATAGATAACAACAT1858727
1858728GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCATTTATCATAATTATATCCACTACTTAAAT1858793
1858794GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCCTAATTACCTCCTTCGTCTACATTAGCTTG1858859
1858860GTTTCAGAGGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTGCCGGCATCGAGTGTGCACTGTTTGCTCT1858925
1858926GTTTCAGAGGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCTGATGCATTTCCAGAAGATGAATACTTGAT1858991
1858992GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGATCACAGCAGATTGTTGAAGTGTTGCAATACTT1859057
1859058GTTTCAGAAGGATGTTAAATCAATAAGGTTAAGAGC1859093
Left flanking sequence : Till position 1856880 (length bp)
GGCAATCAGGAGGCCTATGGAAATAGCGAATTCTACTACATTGACAATGACTTTGTTGATTGGCATCAGT
AATTGATGAAATTTTAGTTAGAAAATAACG
Right flanking sequence : From position 1859093 (length bp)
GTGGCTGGTTAGTTTGGGTATCTAAGGGAGTTTTCAGAAGGGGAATAAAGTTAAATGGAAGTCATAAAAA
AGAGCCAAACAAGAATGAAAGGTTAACAAT
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp