Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_003901_4                                                                                                                 top


Strain : Methanosarcina mazei Go1 RefSeq :NC_003901 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_003901_4
DR consensus (37 bp) : GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATNumber of repetitions :47
Begin Position : 679124 End Position : 682529

679124TTTTCGGATAGGCTCTTAATGGACCATGCTCGCGAATTCAACGGAAAAGGCGGTTTCGGTATCAATAACAAAA 679196
679197GCTTCAATCCTTGTTTTAGTGGATCTTGCTTGCGAATAGAAGTCCAAGTAGAGAACGGTCTCCAAATCCATT 679268
679269GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTCTATACGAAAATGAAATATTGACTGATGAAAGTAT 679341
679342GTTTCAATCCTTGTTTTAGTGGATCTTGCTCGCGAATCCGTTTTTATACCTGTTAATATAGGACGTATACATT 679414
679415GTTTCAATCCTTGTTTTAGTGGATCTTGCTCGCGAATCAGTGGGTCCGACTGGCTTTAGTGGTCTCCTCAGA 679486
679487GTTTCAATCCTTGTTTTAGTGGATCTTGCTCGCGAATCCAACCAGTTAATACGATGTGTTACGAGGATGGT 679557
679558GTTTCAATCCTTGTTTTAGTGGATCTTGCTCGCGAATCCGAAAGTTGCAGCCCTCAAAACCTTCGTCGACCTGA 679631
679632GTTTCAATCCTTGTTTTAGTGGATCTTGCTCGCGAATCCCTGAGCCTGTAACAGAGCTTGAAAGATAATAAG 679703
679704GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATCGACTGGAAACCTGCCGATATCATTTTATTCGGAAG 679776
679777GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATCAGTGGGCGCGGAAAGAGTAATTCCCGCCACTTATA 679849
679850GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAGCTAAAGCATTGAAAGCTTTCAGGCTTAGTGAGGCAG 679924
679925GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTTGCCGATTACATGAAGGAGCACAGCAGGGACGATTT 679998
679999GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTAATAGGATCATTGATGCAGAAATCTCCTGAGAGTA 680071
680072GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATCTGTTCCCGCGCTGGCAAGAGTCACCGAGGAAAATATCAAAAA 680151
680152GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAAATAATGCCCGCCTTCGTGAAACCAGAGCACGATG 680224
680225GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATCCCAATTTCTCAGTTTGAGAGAGAGAGTTATTTTTT 680297
680298GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAAAGCCTTTTTGCTGATAATCAGGAAGAGGTGGA 680368
680369GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAAAGATCTGAAATCAAATAAAATCAATGAGAAAAGCA 680442
680443GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTAACATCTCTATAGCCTATGGCTTTTGTATTTCCA 680514
680515GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATATAGTAGAGGCTATCCGATCCTCTAGGGGTTTATCAA 680588
680589GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATGACAGCTTAACCCGTTCCTGAATGAGGCTTATCTCA 680661
680662GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATGCTTGATCTTCTATTGACACGTTGAATGTACTTGA 680733
680734GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAGGTCACAGAGAGAATCAAAAATACAGTTAGAATTG 680806
680807GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTTTCTCAGATCCTTGCAGGGAAAGATAAGGCTATAA 680879
680880GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTTGTATGTGTACACATGGTGTACACATAAGGCGAA 680951
680952GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAGGAAAATGTTATATCAACGAAAGAACGCGGAGGAA 681024
681025GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAGTGACCTGATAGACGTAAGGAGCAATCTTCGCGGC 681097
681098GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATGCGACGATCACACCCATAAAAAAGTTTAACCAACTTTC 681172
681173GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATGGTTTGTGGGGCATTGGGTGTGTCAGCATGATAG 681243
681244GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATACGACGACTCTGACGGCATAGGGGACGTATGGGGAA 681316
681317GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAGATTTCTTTTACCAATAGGATACGAAAACTGTTCAA 681390
681391GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATGGCGATAAGATGAAAAGAAACTCAACTCAAGTTAGTT 681464
681465GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTGATGAATTAAATCAAATTCCTTTCGATTTTTCGG 681536
681537GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATCATCAAAAATTAGCCCGTCTTTATCCCCATAAGGAA 681609
681610GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTAATTTGATAATACCTTAATCAACTCACTTTTCTCAA 681683
681684GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTATCCGGGGGCAGGAGAGCACGAGGAGGGCCAGAAGAG 681758
681759GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATACGTTTTCTTTTGTTCTTCCGAGGACAAGCCCGAT 681830
681831GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAAGGATTCTTCAGTATTATTGCCGTCGTCCTGATCCT 681904
681905GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATCTGAAAATATACTTTGAGCCCGCCAGCAAACGAAA 681976
681977GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATATAACAATCATCTGCCGAAAACTGCATAGAATTG 682047
682048GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATATTTGCAGGTGCAACAACGTTACAGGGTGGAGAAAT 682120
682121GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATATGAACAAGATGTAAATAAAGAAAATAAAGCTCTAAAAA 682196
682197GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATTTTATAGTGTTTTTCAGTGGATAGGTGTCACCTTTTAC 682271
682272GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATCATGATAATCACTATATGAGATTATGTGTTTAAAGTA 682345
682346GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATAGTCCATCGTGCCCTGGAGTATTGAAAATGCAGTTG 682418
682419GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAATATAATAAACCGAAAAGCGGTGTTAAGTCAGGATATTA 682492
682493GTTTCAATCCTTGTTTTAATGGATCTTGCTCGCGAAT682529
Left flanking sequence : Till position 679124 (length bp)
GGATGTCTCTAAGACTCTTTACCACACTTAGGATATACTATTGGCTGTTATAGAAGTTTCGATAAATATT
AGTGTCGGACATCTACACAGGTCACAACAC
Right flanking sequence : From position 682529 (length bp)
AGGGCAAAAATTTCCGTTATTTGGCCAGAAAAGGCCTGAAATGAGCCCTTTTTCAGGGCTAAAATTCTTG
CTGGAAAATTATCAAACCCTTTATAAATAC
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp