Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_017174_8                                                                                                                 top


Strain : Clostridium difficile M120 RefSeq :NC_017174 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_017174_8
DR consensus (30 bp) : ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACNumber of repetitions :39
Begin Position : 2331600 End Position : 2334132

2331600ATTTAGATACATCTTATGTTACTGTTTAACCAAAGTAGCTTTTACTGGAATAACAAGTACTAATGA 2331665
2331666ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACAATGGAAAGTGTATTTAAAAACTATATTGAATATTT 2331731
2331732ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACGGTATTAGCAAATGTGGAACAAGTAATTAAGTTAGC 2331797
2331798ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTTTTTTCCCCCTTTAAATTTTAAAACTAATAATTTA 2331863
2331864ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACATCTACTAGAGAAATTGATATACAAAGAGACTCTTA 2331929
2331930ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACCTACTCAAACAAGGTAATCATGTACATAACATAGA 2331994
2331995ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACATGCTTTTTGTGTGATGGAAATGGAAGGACTACAA 2332059
2332060ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACCCGTTTCCGAAAAAGTCAATATCACGACTCAACACA 2332125
2332126ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTAGATACCCAAAAACCAGCTAGAGGGGCATCTTTGA 2332191
2332192ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTATGCCACAAGCAGAAGAAATTGGAATAGCTACTGT 2332257
2332258ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACGAAGAGCAATCTCTTAACACTTCACAAAAAGAAAT 2332322
2332323ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACGACCAAGAACCTATCACTAAACTCATGTATAAACAT 2332388
2332389ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTGGTAAAATGGCTAAGAAAAAAGAGCTAGAAGAAAA 2332454
2332455ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACGGAGCTTAAAAATGGGGGTTCAATTAACTCAAGAAA 2332520
2332521ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTAAGTTATTTTTGTACATTACGATTTATTATATTTAA 2332587
2332588ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTATTACAGATATAGCACATTCGCTCATCTTCAGACT 2332653
2332654ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACACTAAAGAAAAAGCTAAAAGTAAAAAAGTAGATGGA 2332719
2332720ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACATAAAAAATTAAAATAAATAAAATCAAAATAAGTGT 2332785
2332786ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACAGGGGATATTCAGTTGTCAATGTACACTTTTTTCTA 2332851
2332852ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACGAAGACATTTTTTATTCTGCAAGTAATTTTTATTCTA 2332918
2332919ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACCTACTAAAAATACTAAATTAGATGCTAAGTTCAATA 2332984
2332985ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACCAACTATTGTTGAATTAGATAGTGCTTTAAGAGATA 2333050
2333051ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACAATGGTATGGTAATAAGATTAAAGATTGGATAATCC 2333116
2333117ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACAGTAGAGATAATTGCTGAAATAGAAAAAGCTAAAGA 2333182
2333183ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACCTTTTGATAATAAAAGAACATCAGTTAGATTTGA 2333246
2333247ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTGATGGAGATGTTCTAGGAAGTGCTGCAAAAGAAAA 2333312
2333313ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTCCAGAATTAACTTCATTTACTAAATTGAATTTTAA 2333378
2333379ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTTCAGAGGAAGCAAGAAGAGAAGGTTTAGATGCTG 2333443
2333444ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACACAGACTGGTGACCCAGATATAACTAAACTTCAAAA 2333509
2333510ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACCAGCTATGTAAAACTCTTTTTTACCATTATAAAAT 2333574
2333575ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACAGATGGAGTTAGATATAATAATCCATTTAGATATAT 2333640
2333641ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACAAATGCAGATGAACTTGAAAGAGCTACAAAACTATA 2333706
2333707ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTCTTGAAGACGATATTTTCCAATAGAAGGATTAATA 2333772
2333773ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACGTTACAAAATGAATTAATACTTTATAAAGCATTTAA 2333838
2333839ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACAGAAATTGAACTTGGTCTACTAAATTTAGAGCAATA 2333904
2333905ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTTAATATTTAATTCTCTATTTTCCTCTAATAAATCA 2333970
2333971ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACTAATACAAATAAAGAAGTTATAACAGCTACAATAAA 2334036
2334037ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAACAAACATTTGATTTGGTGAGCCATCTGACTTAAACAT 2334102
2334103ATTTAAATACATCTCATGTTACTGTTTAAC2334132
Left flanking sequence : Till position 2331600 (length bp)
TTCCTGTAATTTTCATAACATCACCTATTTATTTTGTTATTTATACATAAGTATATCACATATTAGTTTG
TTTAATATATTAAAATTTTATGATAGAGTA
Right flanking sequence : From position 2334132 (length bp)
CACTTTAAAATCAGTACTTCTTAAAAATATAATTCCCTTAAATACACTGAAAACACTAATATACAGATTT
TTTATCCCAGCTAATCCTAGAAAATATATA
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp