Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_020419_5                                                                                                                 top


Strain : uncultured Termite group 1 bacterium phylotype Rs-D17 RefSeq :NC_020419 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_020419_5
DR consensus (36 bp) : GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATNumber of repetitions :23
Begin Position : 343493 End Position : 344980

343493TTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATTTTGGTTTGTTGTTATTGACATCTTGTTCT 343558
343559GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATATAATAGCGATAGCAGTGATATTCTTGATG 343624
343625GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATCAATATTTTCAAGCCCAGTGCTGTCTCCA 343689
343690AGTTTAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATATTACCATTAGCATCTAATCCAAATGATTT 343755
343756GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATACCGTATGCTTCTATAGTGTTTAATCTACA 343821
343822GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATTGTATTCAGCTTCAATGGCGATTTTTGGTTC 343888
343889GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATTTACGAACCGATTAAACAAACATGGGACGC 343954
343955GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATCCAGAGATACGACGAACGTCACGGATTGAA 344020
344021GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATCATTATATCAGCGATTGAGAGCATAAAACC 344086
344087GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATTTGATTCGCTGAGAGCCTTTACGGCCTGTG 344152
344153GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATCAAAGTAAATACCATACGGGAACCACGTAG 344218
344219GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATGTACTAAAGGGTGCTACTACAGTAAAGCCC 344284
344285GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATCAATTGTACGGAATATATTAACTTTCTTAC 344350
344351GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATGTAAGGTGCATAGCGTACTCCGGTAGCTGG 344416
344417GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATTGGATATCATATTACCTGCATACGCTGATA 344482
344483GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATTAACCAAAGCAGGCATATCGTATACATTGG 344548
344549GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATACATTGTTAAAAAATATAGAGAGAATTACG 344614
344615GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATCAGGGATTATTACGTCCTCGCCTGCTTTTA 344680
344681GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATGCAAAGTAACTTAATCTAAACATTTTTACA 344746
344747GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATATGACGAATATAAAACTATGGCTGATATAG 344812
344813GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATGAATTCAAGTACGACGATATCAGAGATGGT 344878
344879GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAATCATGCAAAGCACTTTTATCACACTTACGTA 344944
344945GTTATAGTTTCCTTCCTCTCTCAGATGTGCTATAAT344980
Left flanking sequence : Till position 343493 (length bp)
GTAAAAAGCAACTTGCTGAACAAATAGATTCAAGGCAGTTAGTATTTTTTTAACAAATTAACTTATAATA
TGCAGCCACGACACTTCGTCCTCAAAGGTG
Right flanking sequence : From position 344980 (length bp)
AGACAAACGCTAAATTATTGAAAACTCAATTGATTTAGCGTTTTCTATTTTTAGTAAGCAGGCTTTATTA
AATTTCGGAAGTATCTGTAATTTCAACTTC
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp