Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NC_020887_2                                                                                                                 top


Strain : Clostridium stercorarium subsp. stercorarium DSM 8532 RefSeq :NC_020887 (chromosome circular)
CRISPR id : NC_020887_2
DR consensus (30 bp) : GTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAACNumber of repetitions :19
Begin Position : 784886 End Position : 786087

784886GGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAATCACCATCGCCTTTACTATACAAGTGTGTTCCTC 784949
784950CGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAAATTTCGGTGATGCACCCCACGAGCATAAAATGCTCG 785015
785016GGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAAGTTAGGTTTCTTTTTAGATTCTATGATACCTTTTA 785080
785081AGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAATCAAAAATCTATATCACTTTTTACTATATCCCTTGT 785146
785147TGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAAATCGATAATGTCAATTCTACCTAAAGGGTAATAATC 785212
785213CGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAAGTGTTTTTTAATATATTAAGTAATGTTTTATCATTT 785278
785279TGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAACGTTAATTAATTTTTCATTCTTCATGGTTTTAACCT 785344
785345TGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAATCCCCAACGCTCAGCAAGTTTAACCTCCGATGTGA 785409
785410AGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAATGAGCGCATCAGCGAACTCATGGAAGAAGAGCGCAG 785475
785476GGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAAGCAGTAGTCCGTATGCTGGTAACATCCGGCCTCTC 785540
785541CGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAACATAAATAATTATTTAGAGGCGCCTCCTGAAAGGC 785605
785606CGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAATTACATGTTGCTCATACAGTGGAACAGGTACCGTAA 785671
785672AGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAACTTTAGCGTCAAACATTACATATATCCCTCTAC 785734
785735CGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAACGAACACCAGGACCACAGCAAAGCGGTGCGTGATG 785799
785800GGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAACCTCGACATTGGATATAGGCCCAAATTCACAAGA 785863
785864AGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAACCTTCTGAAAGGATAATAAAAATAGCCGTCGCAA 785927
785928AGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAAATGATCGTTGTGGAAAACGAATACTTCGTTTCCAC 785992
785993CGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAATTATTAAAAGCGTTTAATGCACCGTCTATTGTTA 786056
786057AGTTTAAAGTTTACCTATAAGGAATTGAAA786086
Left flanking sequence : Till position 784886 (length bp)
AGATGTAAAAATCGAGCAATATCAGCTATTTGCGGATTTTAATACTTAAAAACATGAAAGTTATGATTTT
ATAAAAGCGGCTTTTTACGAGGGTTTTACG
Right flanking sequence : From position 786087 (length bp)
TATTTTCATTGTGGGAAACCTTCACATCGAAGGTATTTCATACAATTTATATTGAAAAGGATAAAACTAA
TGGTATAATTTAAATAAACGTTTTGTCTGT
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp