Institut de Génétique et Microbiologie

CRISPR details


Home About CRISPRs News FAQs Help Contact Us Examples IGM
Université Paris Sud

Navigation

Home page
CRISPRs database
Browse CRISPRs
BLAST CRISPRs
FlankAlign
CRISPRs utilities
My CRISPRs DB
CRISPRs finder
CRISPRs comparison

Other Tools

CRISPRcompar
CRISPRtionary
CRISPRfinder

GPMS Links

GPMS Team
Tandem Repeats DB
MLVA Web Service


NZ_AHJQ01000001_2                                                                                                                 top


Strain : Sulfolobus islandicus M.16.40 GCF_000245215 RefSeq :NZ_AHJQ01000001 (chromosome circular)
CRISPR id : NZ_AHJQ01000001_2
DR consensus (24 bp) : GATAATCTACTATAGAATTGAAAGNumber of repetitions :105
Begin Position : 872895 End Position : 879511

872895GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGTTTCTAAAAGACGGTGAAGTTATTCTTGTATCAGAACA872957
872958GATAATCTACTATAGAATTGAAAGACTTGTGGAAGCATTAGGGCAAAGAGCCGTACACACTATA873021
873022GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGCGTATCCCTGTGCAGATATCGTTATTCTCCCAGTAAT873083
873084GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTCCATGTGAAATCTTTAACGTTGTTTTTCCTATCAACATCAT873149
873150GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTAAGATCCCCTCTTATTCTGTACGGATCATCGTTAAG873212
873213GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAACATATGTGAGGCACAAATGGCCAAATTATTCGACACTA873276
873277GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTCTGCAGCTTTCTCTTCTATTTTATTCAATAACAATT873339
873340GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTTGAAATCCAACTAGCAGGGTCATCTAGGATAACTAT873402
873403GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATCTTTTTATCAGAAATAGCGGTTTTAAATTTTTATAAA873465
873466GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGATATTGAACCGCTTTTCTCGCGGAAAAGCTTTTATAGT873528
873529GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGTATTTGTTTTGGTCTCTTCAGCTTGAGGAATGGATGTAC873592
873593GATAATCTACTATAGAATTGAAAGACGACAGCCACAACAGCGCCACCTGCAGCGACTGAAGCG873655
873656GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGGTTCATCACAACTTACTCCAATAAGTTCGTATACTT873716
873717GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCCCTGATTATTAGGCATTTTATTCGCCCTCCTCTCTTAT873779
873780GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTAGGATCGGTTGCAATAAGGAAATTGGTATCAAAAGGATAT873845
873846GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTAGGATTTACTGCGTATGTTTCTTCTTTTACTTTCTCTACT873910
873911GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTAGATTCATCATATTCATTAAGAATCTTCAAAACTTCGCTTT873976
873977GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGTGTTAGTTTGAGAGAATGCAACGTTACTTAGTAATAATGT874041
874042GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAGGGTTATATGAAATTGAAAGCCCTGGAGTAGCGTAAA874103
874104GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAAAAAATTGTTGGAGAGTTCAAAAAAAGAGGTGTCCGTT874166
874167GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTAGACCATAGCGGTTTGTTAATTGATGAAGTAGCAGGGA874230
874231GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTCAATAAACGTAACCGTAACACCATCAGCAACTTCTGG874292
874293GATAATCTACTATAGAATTGAAAGACAGTATTGAGACTAACTAAAAATGGTATTACGTTATT874354
874355GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTAATTCCATATGTGACCCAAGCACCAGTAACGTTTATGA874418
874419GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGAATGAAGTCTATTGTGTCAAAGTTTACGCCTAGTTCCGC874482
874483GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATCAGTTCAAGAATTGGGTGAGCGGGAATGGGTAGGAT874544
874545GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTATTTCTCATGAAAAACGACCTGATTAAACTGATGAAG874606
874607GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTACATATCTGCACTTGTAGCATATTGTTTTATAGCATTT874669
874670GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTACTTCCGCGGTGCCGTTCGCTATAAATAGCCCAGAGCCGTTTA874737
874738GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAATAACGTTCCAGCGAATTCAACTACAGGAGCTTTGATGCT874802
874803GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTGTTTCTTCCCTCCAGATAAGGCGACTACTATTATTAG874864
874865GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCCAATCCCAACCGCTCGAAAACCCAACCACTCCCGTT874925
874926GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCTATTTGGTACAATAGTGGTAACATTAGTTATGTTCACAG874989
874990GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCTGGTTTCAGCAAACGGCGTCACATCCTTTAACTTCTATT875053
875054GATAATCTACTATAGAATTGAAAGACAACACTACCACCGCTAACTAACGGCCCTCCTGAATCCCCCT875120
875121GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGAAGTATCCCAATCTTCTTTATGTCTTCGCCAACCCTAA875183
875184GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATTAGAATCTATGAAGTTGAAGACGGAATAAGGGTCAAAA875247
875248GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTATCTATTCCTTCCCAATATTTCTGTGTTTTACGCTCATATACT875315
875316GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCATTCCACCAACATCGTCCATTGTTATCGATGGTGT875375
875376GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCAGCACGCTGGAAGCTAGGGCGTCAGCCTAAATACA875435
875436GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGTCTAGTTTTTGTGCCCCGTTATTTTGCTATGAT875493
875494GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCTCTATTTCTTCTTCGAATTTCCCTTAGTGTGTAATCTTCA875558
875559GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTACTAGAAATCCCGCCACTATTCCTATGAAATTAGTTAGCAA875624
875625GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCAAACTCAGCGATAAGCAAAAGTTTAAAACAGCTGTTT875686
875687GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATGTTTGGTAAGTTTAGCAAGGCAAGTTTGGTTCAGCAAG875750
875751GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCATAGATTCTCATAGGCAATATAGCTACTTTGTCATCAT875813
875814GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGAAAATAAAAAGCTTTTTAGAAATATACTTCTAAATA875874
875875GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTATTATTGAGTTGTTTCAAGATGTTGGTATCATAG875935
875936GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCTGTATCTCCCCAATACGTCAATACACTTCCAGAAGACGT875999
876000GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTTGTTTGAACTCCTCCAGTAATTTTTCTATCTCATCTT876063
876064GATAATCTACTATAGAATTGAAAGACAAATCCGTATCGGATCTAACACATCAGATCGTTCCAT876126
876127GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATTTCCGTCTCTATCTCTTCTATATTCGTAGTCTCA876186
876187GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAGCAGTTAGAGATATTTCAGCTGAAGGAAACGCTGAGAAAGATAT876255
876256GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTCTGTTTATGCAGCGCAGTAACGAAGTTCACCATTCTG876318
876319GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATTAAGTTCATCTAGATGATATATAGTTTGTGCTTTT876379
876380GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAGAGCAGTTAGACCAATTGTACCACTCCATTCAAAAAAT876442
876443GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCGATGATTTCCCCTACGTTCATGGTAAACATGTTCAAGC876505
876506GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGGTTGTAAATACGCCACGTGAATTGGAGCGCTAGACGCGGG876570
876571GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTGGCTGGAACCAGATATTGCTGAGGTAAGCTAGTTCC876632
876633GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAAATTACTAACCTTACTATCAATTTTTTAAGTAAATCTT876695
876696GATAATCTACTATAGAATTGAAAGACATCTTTGTGGCCGTGAACTTCCTCAGATATTTCGGGGCTA876761
876762GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATACCAAGGCTGAATGGAGGCCTAGAGTAAACCCCCCA876823
876824GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTCAATGTTAAAACTGGAATAAATGGTGTTGAATATCCT876886
876887GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTCTGATCTGTTATCAGGTCTAATGAGTATTTGGCCTTA876948
876949GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTGCATAATCTTTTCTGAATCCTAATGCCATCTTTTCCTT877012
877013GATAATCTACTATAGAATTGAAAGACAATCCGCAATTAATTCTTTACATTCCTCCAAATATTTT877076
877077GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTCTTGAGCTCATAAATCGGGCTGAGGTCCTCATAAT877137
877138GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAAAACCGGGATACGAACGTGTTCTCTACAGAGGTAATGTA877201
877202GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATCTTTGAAAGATAATTAATAAGTAGCTCTAGATCCTTT877264
877265GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCTATATCTCCCTAAAACATCGATACATTTCCAGAAAAC877326
877327GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATTATATTATCAAGACCTTTAGGTGTTGTGTATGAGATA877389
877390GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAATGATTGAACTACTAAAGTCAGTGGCGGAACTGCAGGCT877453
877454GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAACGGTGAAAGTGCTACTTTATCATACGGGCAAGCATTAGA877518
877519GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGTAATACTCAAAGTGTTTATATAACACGTGAGACGCAA877580
877581GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGTAATGATGAACTTTACAAAATTCCTCATTGTATTAGCC877643
877644GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAGGTGTATAGGTGACATGTGATATCTGTTCCTCCTCCTGAT877708
877709GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTCAAATCATTGTAGTCCCAAATAAAGGGTATTTTTG877770
877771GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCGATACTCGAACGGTTGCGTACCCCAAGGACGTAATTCTA877834
877835GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGTTTCCATAAGATATCGCAGAATAAATGGCGGTAATGGTCT877899
877900GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTCTAATAATACTAATAATAATCAACAAACTCAGACTACAT877963
877964GATAATCTACTATAGAATTGAAAGTAATAATCTGTAACGCTTACAGTTATCTTAACTGGA878023
878024GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCATAAAGTATATGTGCTGAAGTCTTCTTTGATCCGATA878085
878086GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAAGATAACACATTTATTTTCTACGTAGTACTTACATACT878148
878149GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCTTATTCCCGAATGATTTCTTCCTCCTATAGATTTCCTCAA878213
878214GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAAGACTTAGATCATGGTGTGATACATCAATATTTAGGA878275
878276GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATACCCCTACACTGGTATATATTCAGCCGTATATAG878335
878336GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGAAAGCGTAAAGATGAAGTTACTAGACGAAATCAAAAA878397
878398GATAATCTACTATAGAATTGAAAGATACCTTTTTAACGTCGGATACCATAATCATTAATCCCGC878461
878462GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCCCATGATTTTCAATTCACCAATTGTACAAAAATATATTCTT878527
878528GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAACGATGCTACCGCATTTGTTAATAAATTTCCTAAGTTTTGT878593
878594GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCCTACCGTGACTGCGACATAATGGGGTATTATTGCATAAT878657
878658GATAATCTACTATAGAATTGAAAGCGCCGTCGCCGACGCGGGGGTATGTAGTCAGTATTACT878719
878720GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGTAGACGCTACTGCATTAGGCATAGGTGTTATAAACGT878781
878782GATAATCTACTATAGAATTGAAAGAGATTTGTCATTTGAATTATATAACTATGAGTAAATGTTA878845
878846GATAATCTACTATAGAATTGAAAGGAAGGCAGTGCAATCTTATATGTGTTCCCTTTTTCTTTTG878909
878910GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAATCAGGGGATGATACTAGTTTTCACATACAACGGACAGTCG878975
878976GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGCTTTCTGCCGAACTTTTCAGCAGTCATTATAGCTCC879036
879037GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGAGTGTTAGTATAAATCGCGAACAAAATAAGCGGATAAAGA879100
879101GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGGTTACGGGTACTGTTTGTGTATAATATGAGGGGTAACTCAT879165
879166GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTGTGGCAACACAAATATAGCTTCACAGATAACATCCCTTT879229
879230GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTGGAAACCGCTCACGTAAACACTTATAAATCCATTCTCTT879293
879294GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATTAGTTTTATTAAATGATCCATCAATTCAAACTTTGACAT879358
879359GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGATTGACTACATTCAAGCCACCAACGGTAACGATAAATTTAC879423
879424GTTAATCTACTATAGAATTGAAAGTTTCATGTTTTTGTTATCATTCAATCCTTGGCAATTGAGT879487
879488GTTAATCTACTATAGAATTGAAAG879511
Left flanking sequence : Till position 872895 (length bp)
AGTGAAAGGATGAGGAGAAAAATTGAAAAGATAATACAGAGTAAAGCTTATAAATAACGAAGAGAGAACA
AGATATTAGATAAAAGTTAATAAACCCTCA
Right flanking sequence : From position 879511 (length bp)
AAAATTAGTATAGACTAAATAATTTTTAAATAATATTAAAAATAGACAGTAAATATATATTTATTTAATG
TGTATTTAAAGGTTTTCCTTACTTCGGAAA
Print the CRISPR sequence : From position bp To position bp